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萧飞IDO
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2018年1月23日
ggplot 绘制热图
摘要: 生成测试数据 绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量,转换为矩阵,得到想要的数据。 1 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, (1:6)/10, (1:6)/10, (6:1)/10, 1:6, 6:1, 6:1, 1:6, 6:1, 1:6, 1:6, 6:
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posted @ 2018-01-23 21:14 萧飞IDO
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2018年1月19日
R 语言命令行参数处理
摘要: 在unix、windows外部需要调用R脚本执行,然后又需要输入不同的参数,类似shell脚本的命令行参数输入,可以使用Rcript命令实现。 命令格式:Rscript [options] [-e expression] file [args]file表示需要执行的脚本,[options] [-e
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posted @ 2018-01-19 11:10 萧飞IDO
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2018年1月16日
Shell 数组(2)
摘要: Shell 数组 数组中可以存放多个值。Bash Shell 只支持一维数组(不支持多维数组),初始化时不需要定义数组大小(与 PHP 类似)。 与大部分编程语言类似,数组元素的下标由0开始。 Shell 数组用括号来表示,元素用"空格"符号分割开,语法格式如下: array_name=(value
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posted @ 2018-01-16 09:48 萧飞IDO
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bcftools 为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件
摘要: 1. bgzip 压缩 vcf 文件为 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c T9_B9_TN_2017122619
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posted @ 2018-01-16 09:28 萧飞IDO
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2018年1月11日
Linux 替换^M字符方法
摘要: 命令中的^M不是直接输入^和M,是在linux中敲“CTRL-V CTRL-M”生成的,这个需要注意,因为在linux下^M其实是一个字符,你如果直接敲^和M,那就是2个字符了,然后意义也完全不一样。
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posted @ 2018-01-11 20:27 萧飞IDO
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2018年1月3日
shell 字符串分割方法简介
摘要: 备注: arr=($a)用于将字符串$a分割到数组$arr ${arr[0]} ${arr[1]} ... 分别存储分割后的数组第1 2 ... 项 ${arr[@]}存储整个数组 OLD_IFS="$IFS",用于备份默认的分隔符 IFS=",":变量$IFS存储着分隔符,这里我们将其设为逗号 "
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posted @ 2018-01-03 19:35 萧飞IDO
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shell 数组介绍及相关操作
摘要: 引言 在Linux平台上工作,我们经常需要使用shell来编写一些有用、有意义的脚本程序。有时,会经常使用shell数组。那么,shell中的数组是怎么表现的呢,又是怎么定义的呢?接下来逐一的进行讲解,shell中的数组。 数组的定义 何为数组?学过计算机编程语言的同学都知道,数组的特性就是一组数据
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posted @ 2018-01-03 19:30 萧飞IDO
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2017年12月29日
Annovar 信息注释
摘要: ANNOVAR 注释软件 ANNOVAR 注释软件 ANNOVAR简介 ANNOVAR结构 ANNOVAR下载数据库 ANNOVAR输入格式 ANNOVAR格式转换 ANNOVAR注释功能 用table_annovar.pl进行注释(可一次性完成三种类型的注释) Gene-based Annotat
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posted @ 2017-12-29 16:13 萧飞IDO
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2017年12月23日
C++ string与数值的转换
摘要: 一、基于C++11标准 头文件:#include <string> 函数: 1.1 数值转string to_string(val):可以将其他类型转换为string。 1.2 string转数值 stoi(s, p, b):string转int stol(s, p, b):string转long
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posted @ 2017-12-23 09:31 萧飞IDO
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2017年12月18日
C/C++ 删除文件 remove函数
摘要: 头文件:#include <stdio.h> //C #include <cstdio> //C++ 函数原型:int remove(const char * filename); 返回结果:如果成功返回 0,失败返回“EOF”( -1)。
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posted @ 2017-12-18 09:20 萧飞IDO
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