随笔分类 -  生物信息软件

VCF文件-VCFv4.2示例解释
摘要：VCF文件示例（VCFv4.2） CHROM： 表示变异位点是在哪个contig 里call出来的，如果是人类全基因组的话那就是chr1…chr22，chrX,Y,M。 POS： 变异位点相对于参考基因组所在的位置，如果是indel，就是第一个碱基所在的位置。 ID： 如果call出来的SNP存在于 阅读全文

posted @ 2019-11-12 21:05 萧飞IDO 阅读(1699) 评论(0) 推荐(0)

Annovar 信息注释
摘要：ANNOVAR 注释软件 ANNOVAR 注释软件 ANNOVAR简介 ANNOVAR结构 ANNOVAR下载数据库 ANNOVAR输入格式 ANNOVAR格式转换 ANNOVAR注释功能 用table_annovar.pl进行注释（可一次性完成三种类型的注释） Gene-based Annotat 阅读全文

posted @ 2017-12-29 16:13 萧飞IDO 阅读(4872) 评论(0) 推荐(0)

freebayes - called variant软件
摘要：1，软件介绍 FreeBayes is a Bayesian genetic variant detector designed to find small polymorphisms, specifically SNPs (single-nucleotide polymorphisms), ind 阅读全文

posted @ 2017-06-14 15:58 萧飞IDO 阅读(2561) 评论(0) 推荐(0)

NGS数据的Duplication
摘要：源自：http://www.biotrainee.com/thread-1382-1-1.html 一、Duplicated reads duplicates reads 是PCR对同一个分子进行多次镜像复制的结果。 判断是否为镜像分子的标准是：reads的起始和终止位置，起点和终点之间的碱基序列一 阅读全文

posted @ 2017-06-13 16:14 萧飞IDO 阅读(2112) 评论(0) 推荐(0)

dN/dS与分子进化常用软件
摘要：dN/dS 在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分 阅读全文

posted @ 2017-05-19 09:04 萧飞IDO 阅读(6936) 评论(0) 推荐(0)

samtools和bcftools使用说明
摘要：转自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比 阅读全文

posted @ 2017-05-15 18:31 萧飞IDO 阅读(7701) 评论(0) 推荐(0)

变异检测VarScan软件使用说明
摘要：VarScan使用示例，如下： samtools mpileup -q35 -d8000 -f GBS_A909.fa M008_alignmen_F4.sort.bam >M008_alignmen_F4.sort.mpileup samtools mpileup -q35 -d8000 -f G 阅读全文

posted @ 2017-05-15 16:46 萧飞IDO 阅读(3810) 评论(0) 推荐(0)

samtools的mpileup
摘要：samtools的mpileup命令是一个samtools中一个很重要的命令。它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失，那么每一个输入文件则视为一个样本。 在pileup格式中(没有-u或者-g参数) 阅读全文

posted @ 2017-03-24 20:24 萧飞IDO 阅读(4422) 评论(0) 推荐(0)

VCF详解
摘要：转自：http://www.blogbus.com/bioinf-logs/236151157.html，作者 讨厌bio的bio男 版权声明：转载时请以超链接形式标明文章原始出处和作者信息及本声明http://www.blogbus.com/bioinf-logs/236151157.html 1 阅读全文

posted @ 2017-03-24 10:33 萧飞IDO 阅读(2279) 评论(0) 推荐(0)

cutadapt
摘要：utadapt软件可以从高通量测序数据（fastaq文件）移除接头和低质量的序列。linux系统安装：用pip安装：pip install cutadapt（如果系统没有安装pip，会提醒你先安装pip)which cutadapt #查看安装路径cutadapt --help #查看使用说明和功能 阅读全文

posted @ 2017-03-23 15:34 萧飞IDO 阅读(854) 评论(0) 推荐(0)

[Linux] IGV使用说明
摘要：做完mapping之后，需要知道mapped reads在基因组上的分布，所以尝试在ubuntu系统中使用IGV软件，简单记录使用过程，如下：１．下载IGV软件 去IGV官网: http://www.broadinstitute.org/software/igv/download，下载 binary 阅读全文

posted @ 2017-03-17 21:14 萧飞IDO 阅读(9360) 评论(0) 推荐(0)

Integrative Genomics Viewer (IGV)
摘要：http://software.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline Running igvtools from the Command Line Running igvtools from the Command Line Dow 阅读全文

posted @ 2017-03-17 16:41 萧飞IDO 阅读(2683) 评论(0) 推荐(1)

基因数据分析主流软件与基因预测方法步骤-搬运工
摘要：源自：http://www.bbioo.com/lifesciences/40-114214-1.html 1. 基因数目预测的主流软件 GENSCAN就是一个经典的基因预测软件。1996年由MIT的Chris Burge开始编写这个软件程序。当时，Burge的许多同事主张采用比较的方法，他们随机选 阅读全文

posted @ 2017-03-03 18:27 萧飞IDO 阅读(5277) 评论(0) 推荐(0)

[blast] 子程序说明
摘要： 阅读全文

posted @ 2017-03-03 14:33 萧飞IDO 阅读(352) 评论(0) 推荐(0)

clustalw2 使用简介
摘要：CLUSTAL 2.0.12 Multiple Sequence Alignments >> HELP NEW << NEW FEATURES/OPTIONS ==UPGMA== The UPGMA algorithm has been added to allow faster tree cons 阅读全文

posted @ 2017-02-25 14:30 萧飞IDO 阅读(2399) 评论(0) 推荐(0)

blast 数据库说明
摘要：The BLAST Databases Last updated on January 12, 2015 This document describes the BLAST databases available on the NCBI FTP site under the /blast/db di 阅读全文

posted @ 2017-02-22 16:17 萧飞IDO 阅读(744) 评论(0) 推荐(0)

Velvet基因组拼接软件的使用方法和参数简介（二）
摘要：1. Velvet的安装 Velvet用于基因组的de novo组装，支持各种原始数据，包括Illumina的short reads和454的long reads。 首先下载velvet的安装包，直接使用make命令来编译，即可获得可执行主程序velveth和velvetg。安装如下： 值得注意的是 阅读全文

posted @ 2017-02-22 14:29 萧飞IDO 阅读(1535) 评论(0) 推荐(0)

Velvet基因组拼接软件的使用方法和参数简介（一）
摘要：Velvet简单介绍： velvet是一款常用的基因组拼接软件，与soapdenovo一起常用于二代测序数据的处理，相对于soapdenovo拼接的完整性更好。他能同时支持fasta、fastq格式的数据，同时支持多个文库的数据同时使用。 其工作的一般过程简化为：输入short read序列，排除错 阅读全文

posted @ 2017-02-22 14:13 萧飞IDO 阅读(1948) 评论(0) 推荐(0)

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