随笔分类 -  SAMtools

[SAMtools] 常用指令总结
摘要：源自：http://sanwen.net/a/hirxmpo.html samtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。 首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的，这些软件我们后面会谈到。 软件下载安装： 地址：http 阅读全文

posted @ 2017-05-04 09:40 萧飞IDO 阅读(22628) 评论(0) 推荐(0)

[samtools] tview查看mapping比对信息
摘要：samtools view -bS test.sam > test.bam samtools sort test.bam -o test_sorted samtools index -b test_sorted.bam samtools tview test_sorted.bam ref.fa 阅读全文

posted @ 2017-03-17 21:43 萧飞IDO 阅读(1026) 评论(0) 推荐(0)

[samtools] sam格式与bam格式互换，提取未匹配reads，转为fastq
摘要：Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head test.sam", 阅读全文

posted @ 2017-02-21 16:12 萧飞IDO 阅读(6675) 评论(0) 推荐(0)

导航