摘要：1.概述 |矩阵|函数| |: :|: :| |表达矩阵|lmFit| |分组矩阵|eBayes| |差异比较矩阵|topTable| 2.读取表达矩阵： 得到表达矩阵exprSet，它的列是各个样本名称，行是各个探针ID，一个纯粹的表达矩阵，必须是数字型的！ 可以简单地做一下该表达矩阵的QC检测：
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posted @ 2020-03-09 14:45
随笔分类 - 生息分析
摘要：VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件，与SAMtools的结果有点不同 VCF文件可以分为两部分看，最上面 号注释的的部分是对一些参数的解释（看英文能懂的话，下面的解释就不用看了），而下面没 号注释的部分则是各个参数对应的具体的值 一般先关
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posted @ 2020-01-07 10:33
摘要：VCF文件示例（VCFv4.2） CHROM： 表示变异位点是在哪个contig 里call出来的，如果是人类全基因组的话那就是chr1…chr22，chrX,Y,M。 POS： 变异位点相对于参考基因组所在的位置，如果是indel，就是第一个碱基所在的位置。 ID： 如果call出来的SNP存在于
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posted @ 2019-11-12 21:05
摘要：一、建立公钥和私钥对 命令：ssh-keygen -t rsa 按Enter键，连续三次，默认存储路径及文件 在/home/.ssh/目录下，多了两个文件id_rsa和id_rsa.pub，分别是私钥和公钥，这里我们只需要公钥即可。 二、把公钥传到另一个主机 三、将id_rsa公钥的内容添加到.ss
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posted @ 2018-03-11 18:19
摘要：定义 MAD（Median absolute deviation, 中位数绝对偏差）是单变量数据集中样本差异性的稳健度量。mad是一个健壮的统计量，对于数据集中异常值的处理比标准差更具有弹性，可以大大减少异常值对于数据集的影响。 对于单变量数据集 X={X1,X2,X3,...,Xn}，mad的计算
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posted @ 2018-03-10 20:04
摘要：导读：随着二代测序技术临床应用的不断增加，越来越多与癌症发生发展密切相关的突变被鉴定出来。将基因突变的结果更好地转化为实际临床应用，统一而通用的突变命名规则就显得尤为重要。人类基因组变异协会（HGVS：Human Genome Variation Society）规则是目前学术界所公认的命名规则。
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posted @ 2018-03-08 18:41
摘要：In multicellular organisms, mutations can be classed as either somatic or germ-line: Somatic mutations – occur in a single body cell and cannot be inh
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posted @ 2018-03-07 16:33
摘要：Why these steps are necessary The GATK uses two files to access and safety check access to the reference files: a .dict dictionary of the contig names
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posted @ 2017-12-07 09:32
摘要：Somatic突变是不遗传的，在研究方法上主要偏重采集癌症组织和正常组织进行比较得到结果（在Call Somatic mutations 的时候最好有同一个体的正常组织进行参照）从研究意义上来讲，Somatic更偏重于单个患者的癌症分型和发病机理的研究。相对比较省事儿。 Germ-line的muta
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posted @ 2017-06-26 14:13
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