FastQC使用记录

1.FastQC的下载，安装

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
在这里下ZIP包，这个是已经编译过的，打开设好路径就能用。

注意：FastQC使用之前记得安装好Java Development Kit (JDK)，没有这个没有办法工作，会报错。

https://blog.csdn.net/m0_69574256/article/details/133956779
主要参考这篇帖子

主要步骤：

①.wget下载FastQC：wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip
②.解压：unzip 你下下来的包的全名
③.设置路径：echo 'export PATH=/root/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc
然后更新一下：source ~/.bashrc
到这里，用fastqc -h测试一下，看看安好了没有，安好了是这样的：

2.FastQC的使用

https://blog.csdn.net/qq_74093550/article/details/131530092

主要步骤：

①.首先，将自己的数据准备好，从哪弄数据看你自己，我这里的数据来源参考先前的博客。

②.fastqc -4 /root/SRA/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/SRR13810477/*.fastq.gz -o /root/SRA/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/SRR13810477/QC
这里用这个命令，其中主要参数如下：
-4：这里指4线程，看你电脑有多少和你打算用多少，自己设
/root/SRA/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/SRR13810477/ ：这是你的数据文件的位置，我这么长一串主要是因为我喜欢用绝对位置，这样不容易报错
*：这个指的是你要处理这个文件夹中所有的你要分析的文件
.fastq.gz：这个是你的文件的格式，他支持直接用gz，我也推荐直接用gz，比较省空间，当然也可以直接用fasta、fastq等格式，看自己需求
-o /root/SRA/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/SRR13810477/QC：-o指的是你想把你的结果输出到那里去，我选择新建一个文件夹，好找。
然后你就可以运行了，运行的时候大概是这个样子：
最后获得的结果大概就是这样：

3.结果解读

接下来就是打开它输出给你的网页看图说话了，主要参考这个帖子：
https://blog.csdn.net/qq_44520665/article/details/113779792
https://blog.csdn.net/qq_74093550/article/details/131530092