如何从NCBI上下载ATAC-seq数据

如何从NCBI上下载数据——使用ASCP下载数据

1.下载ASCP

https://cloud.tencent.com/developer/article/2368150

2.获取NCBI上的ACCESSION IDs

①.在NCBI-SRA上检索自己想要数据。

②.拉到最底下，选择send to ,再选择Run select，最后选择GO。

③.进入SRA Run select页面，选择Accession list

注意：看清楚数据是单端测序还是双端测序，layout若是标注了paired，则代表该样本是双端测序，如果标注了single则代表单端数据。

④.下载ACCESSION List

3.使用ASCP下载

输入指令，开始下载，指令可以参考：https://www.jianshu.com/p/2987843d97e3，ascp下载地址的获取可以参考：https://www.plob.org/article/3013.html

注意：目前利用ASCP从NCBI上获取数据虽然可用但是比较麻烦，主要是ascp下载地址的获取麻烦一点，但是真的非常快。