摘要：不要用UNK作为小分子名称！不要用UNK作为小分子名称！不要用UNK作为小分子名称！ 阅读全文
unbantu libsqlite3.o
2022-10-12 15:55 by 丨o聽乄雨o丨, 30 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1 sudo apt-get install sqlite3 2 sudo apt-get install libsqlite3-0 3 sudo apt-get install libsqlite3-dev 阅读全文
fasta AF2建模后处理
2022-08-29 10:47 by 丨o聽乄雨o丨, 35 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：for fasta in *fasta; do if [ -e ~/Workfile/Alphafold2_Output/${fasta%.fasta}/ranked_0.pdb ];then echo $fasta; cp ~/Workfile/Alphafold2_Output/${fasta% 阅读全文
python诡异现象之，subprocess.cal或os.system不执行
2022-06-22 20:10 by 丨o聽乄雨o丨, 236 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：最终发现原因是因为使用了格式化字符串的写法，却没加"f" 阅读全文
plip_changed安装
2022-06-21 10:35 by 丨o聽乄雨o丨, 40 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：pip install lxml(安装依赖，如果缺少别的，需要进一步安装)； 安装openbabel3.1.1-pythonbinding，见https://www.cnblogs.com/wq242424/p/8231600.html最后； 安装完后，将openbabel的<openbabel>/ 阅读全文
onionnet安装
2022-06-02 17:42 by 丨o聽乄雨o丨, 27 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：conda env create -f onionnet.yaml python -m pip install --upgrade pip pip install -r requirements_onionnet.txt conda install -c conda-forge mdtraj(如果后 阅读全文
origin散点图坐标轴遮挡问题解决方法
2022-05-06 16:17 by 丨o聽乄雨o丨, 3455 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：解决办法： 双击坐标系内任意空白区域，在打开的plot details 对话框中选择display标签，在clipping margins设置HV均为-2即可。 阅读全文
PYMOL显示底物周围surface
2022-02-04 20:34 by 丨o聽乄雨o丨, 754 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：load $TUT/1hpv.pdb, tmp extract lig, organic extract prot, polymer delete tmp set surface_carve_cutoff, 5 set surface_carve_selection, lig set surface 阅读全文
amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项
2021-11-18 11:41 by 丨o聽乄雨o丨, 923 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：水盒子要加厚： 越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚，一般我默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下 阅读全文
RosettaScripts学习笔记-2021-11-18
2021-11-18 10:18 by 丨o聽乄雨o丨, 495 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要：1. Cartesian minimization based on moving atoms in xyz Cartesian space, rather than with Internal Coordinates. This requires an extra term (cart_bonde 阅读全文