wangshicheng

2019年7月4日

摘要：什么是CSV逗号分隔值（Comma-Separated Values，CSV），其文件以纯文本形式存储表格数据（数字和文本），文件的每一行都是一个数据记录。每个记录由一个或多个字段组成，用逗号分隔。使用逗号作为字段分隔符是此文件格式的名称的来源，因为分隔字符也可以不是逗号，有时也称为字符分隔值。 C 阅读全文

posted @ 2019-07-04 20:30 wangshicheng 阅读(11255) 评论(0) 推荐(1)

功能富集分析概述

摘要：基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段，对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词，网上也有很多教程，教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然，还要知其所以然。这里，我找到两篇富集分析的综述，跟大家一起学习一下。照例，先给出这阅读全文

posted @ 2019-07-04 10:54 wangshicheng 阅读(7090) 评论(0) 推荐(0)

2019年7月2日

好用的基因共表达网络分析工具

摘要： https://www.sohu.com/a/230486907_278730 阅读全文

posted @ 2019-07-02 16:49 wangshicheng 阅读(1097) 评论(0) 推荐(0)

WGCNA构建基因共表达网络详细教程

摘要：这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理，并补充了一些没有提到的重要参数，希望大家不会踩坑。 1. 简介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expression network analysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式阅读全文

posted @ 2019-07-02 16:36 wangshicheng 阅读(25845) 评论(0) 推荐(2)

编码区和非编码区的关系

摘要：所有的基因都会呈现时间和空间的关系！编码区是细胞DNA的一部分，我们知道，基因分为：编码区，非编码区。编码区是指能够转录信使RNA的部分，它能够合成相应的蛋白质，而非编码区是不能够转录信使RNA的DNA结构。但是它能够调控遗传信息的表达。真核生物的基因组成是编码区和非编码区,其中编码区是由外显子阅读全文

posted @ 2019-07-02 15:34 wangshicheng 阅读(13393) 评论(0) 推荐(0)

Cytoscape——实例

摘要：本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式：1.*.sif格式： nodeA<interaction>nodeB nodeC<interaction>nodeD …即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称*. 阅读全文

posted @ 2019-07-02 15:01 wangshicheng 阅读(1432) 评论(0) 推荐(0)

gene network analysis

摘要：基因表达分析包括3个层次[68], 首先是单基因水平, 即比较对照组与实验组的每个基因是否存在表达差异, 这主要指差异基因表达分析; 其次是多基因水平, 如按照基因的共同功能、相互作用、共同表达等进行的聚类分析; 最后是系统水平, 即以基因网络形式解释和理解生命现象. 在生物体系中, 基因从来不是单阅读全文

posted @ 2019-07-02 14:12 wangshicheng 阅读(698) 评论(0) 推荐(0)

基因表达谱

摘要：基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库，大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成，从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱阅读全文

posted @ 2019-07-02 14:04 wangshicheng 阅读(1779) 评论(0) 推荐(0)

2019年6月25日

神经网络训练细节

摘要： https://www.bilibili.com/video/av23070388/?p=10 李飞飞神经网络训练细节，推荐给大家，非常好，我看了无数遍，教怎样调参。共四个，这是第一个 https://www.bilibili.com/video/av50147949?from=search&se 阅读全文

posted @ 2019-06-25 11:42 wangshicheng 阅读(127) 评论(0) 推荐(0)

2019年6月22日

GOOGLE访问助手和GOOGLE服务助手的区别！

摘要： Google服务助手之所以受欢迎，主要是因为它能够上YouTube，但是很遗憾，现在不能了！我推荐的是Google访问助手，因为Google服务助手失去了他最大的优势之后，他的缺点是不能够访问维基百科！ Google学术能才能镜像，YouTube当然也能才能镜像！ Google访问助手更能有效的帮阅读全文

posted @ 2019-06-22 18:53 wangshicheng 阅读(1638) 评论(0) 推荐(0)

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