wangshicheng

2019年7月11日

摘要：众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot 阅读全文

posted @ 2019-07-11 16:46 wangshicheng 阅读(22393) 评论(0) 推荐(0)

Gene Ontology (GO) 注释

摘要： Gene Ontology (GO) 注释 Posted on 2017-06-11 | In 生信相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。显然，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将极大限制学术的交流。而 Gene 阅读全文

posted @ 2019-07-11 16:43 wangshicheng 阅读(2862) 评论(0) 推荐(0)

KEGG注释

摘要：在 KEGG 数据库中，把功能相似的蛋白质归为同一组，然后标上 KO 号。通过相似性比对，可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。截止到 2015 年 6 月 12 日，KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物，3,600 个为原核生物。在真核生物中，共阅读全文

posted @ 2019-07-11 09:52 wangshicheng 阅读(6863) 评论(0) 推荐(0)

2019年7月9日

Install packages failed: Installing packages: error occurred. ------简单的问题常常会被忽略

摘要：用 pip install 安装了wxpy这个库，但是使用的时候却报错：ImportError: No module named wxpy 我先用 pip list 查看了一下，发现这个库是已经存在的：但是运行就老是报错后来查了资料才知道，是我编译器的环境选择有问题，我使用的是pycharm 进阅读全文

posted @ 2019-07-09 21:07 wangshicheng 阅读(20693) 评论(0) 推荐(0)

Cytoscape，Gephi ，mitlab network的比较

摘要：虐阅读全文

posted @ 2019-07-09 15:15 wangshicheng 阅读(1467) 评论(0) 推荐(0)

network ---边赋予权重

摘要：有向图和无向图都可以给边赋予权重，用到的方法是add_weighted_edges_from，它接受1个或多个三元组[u,v,w]作为参数，其中u是起点，v是终点，w是权重。例如：G.add_weighted_edges_from([(0,1,3.0),(1,2,7.5)])添加0-1和1-2两条边阅读全文

posted @ 2019-07-09 14:55 wangshicheng 阅读(1720) 评论(0) 推荐(0)

git 提交代码步骤

摘要：利用命令行提交代码步骤提交代码之前，需先从服务器上面拉取代码，以防覆盖别人代码。 1：拉取服务器代码git pull 2：查看当前工作目录树的工作修改状态git status 状态：1：Untracked: 未跟踪, 此文件在文件夹中, 但并没有加入到git库, 不参与版本控制. 通过git add 阅读全文

posted @ 2019-07-09 14:19 wangshicheng 阅读(1268) 评论(0) 推荐(0)

pywin3的简介

摘要：微软Windows的Python扩展提供了对Win32 API的访问、创建和使用COM对象的能力以及PythOnWin环境。Pywin32是一个Python库，为python提供访问Windows API的扩展，提供了齐全的windows常量、接口、线程以及COM机制等等。阅读全文

posted @ 2019-07-09 14:01 wangshicheng 阅读(953) 评论(0) 推荐(0)

2019年7月7日

Python range() 函数用法

摘要： python range() 函数可创建一个整数列表，一般用在 for 循环中。函数语法参数说明： start: 计数从 start 开始。默认是从 0 开始。例如range（5）等价于range（0， 5）; stop: 计数到 stop 结束，但不包括 stop。例如：range（0， 5）阅读全文

posted @ 2019-07-07 10:43 wangshicheng 阅读(3043) 评论(0) 推荐(0)

Python abs() 函数

摘要： abs() 函数返回数字的绝对值。阅读全文

posted @ 2019-07-07 10:38 wangshicheng 阅读(228) 评论(0) 推荐(0)

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