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安装fcitx输入法 sudo add-apt-repository ppa:fcitx-team/stable #添加安装源，apt-get 添加，nightly源也可以 sudo apt-get update #更新源，否则无法安装fcitx 安装码表： sudo apt-get install 阅读全文
posted @ 2018-07-26 17:32
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摘要：
我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？ GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format，主要是用来 阅读全文
posted @ 2018-07-25 17:34
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方法一：安装VMware Tools，设置共享文件夹（推荐） 安装教程：http://www.cnblogs.com/sunev/archive/2012/03/16/2400887.html 方法二：在宿主机上安装FTP文件传输软件 步骤如下： 1.Ubuntu中安装ssh，命令：sudo apt 阅读全文
posted @ 2018-07-23 11:01
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摘要：
R官网更新说明 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/README.html 本文主要讲解在ubuntu下如何安装和更新R语言。将分别介绍什么是R语言，简单方法安装R语言，通过更新源来安装或更新R语言，和安装R语言集成开 阅读全文
posted @ 2018-07-21 18:47
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摘要：
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing dat 阅读全文
posted @ 2018-07-19 22:44
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摘要：
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍： view命令的主要功能： 将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各 阅读全文
posted @ 2018-07-19 20:07
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摘要：
本质上就是二进制压缩的SAM文件，大部分生物信息学流程都需要这个格式，为了节省存储空间以及方便索引。 # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fil 阅读全文
posted @ 2018-07-19 19:46
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摘要：
原文网址： http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.j 阅读全文
posted @ 2018-07-19 15:07
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2018-07-18 19:18:06 网站地址 http://www.runoob.com/linux/linux-command-manual.html 最全的Linux的命令以及其参数的详细解读 阅读全文
posted @ 2018-07-18 19:16
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原网站：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/75103929 声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问 阅读全文
posted @ 2018-07-18 15:45
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