2018年7月19日
【转录组】RNA-seq分析htseq-count的使用
摘要： HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing dat 阅读全文
posted @ 2018-07-19 22:44 望着小月亮 阅读(30237) 评论(0) 推荐(0)
【软件使用】samtools软件作用
摘要： samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍： view命令的主要功能： 将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各 阅读全文
posted @ 2018-07-19 20:07 望着小月亮 阅读(2296) 评论(0) 推荐(1)
【文件格式】BAM/SAM格式
摘要： 本质上就是二进制压缩的SAM文件，大部分生物信息学流程都需要这个格式，为了节省存储空间以及方便索引。 # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fil 阅读全文
posted @ 2018-07-19 19:46 望着小月亮 阅读(1424) 评论(0) 推荐(1)
【转录组】【软件使用】RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
摘要： 原文网址： http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.j 阅读全文
posted @ 2018-07-19 15:07 望着小月亮 阅读(6170) 评论(0) 推荐(0)