Linux 生信方向综合测试题（AB）

🧪 Linux 生信方向综合测试题

测试目的： 巩固知识，检验理解与实战能力。
题型覆盖： 基础命令、文件操作、conda环境、shell流程控制、脚本编程、正则表达式、文本处理。

📘 一、选择题（共10题，每题2分）

1. 以下哪条命令可用于创建空文件？
A. create file.txt
B. make file.txt
C. touch file.txt
D. new file.txt

2. 关于ls -lh命令，下列说法正确的是：
A. 列出隐藏文件
B. 按时间排序
C. 显示文件详细信息与人类可读的大小
D. 只能查看当前目录

3. 如果你想压缩整个目录为gzip格式，哪条命令最合适？
A. gzip dir/
B. tar -zcvf dir.tar.gz dir/
C. zip -r dir.zip dir/
D. compress dir/

4. 若要永久修改 $PATH 环境变量，推荐修改哪个文件？
A. /etc/passwd
B. ~/.vimrc
C. ~/.bashrc
D. ~/.profile.txt

5. 关于以下 Shell 判断语句 if [ -f myfile ]; then echo ok; fi，其含义是：
A. 判断myfile是否为空
B. 判断myfile是否为目录
C. 判断myfile是否存在并且是一个普通文件
D. 判断myfile是否可执行

6. 哪条命令可以查看文件的最后20行？
A. tail -n 20 file.txt
B. head -n 20 file.txt
C. less -n 20 file.txt
D. more -20 file.txt

7. 下列关于conda的说法正确的是：
A. 所有包都必须安装在base环境
B. miniconda不支持环境管理
C. bioconda是专门为生信软件提供的频道
D. conda无法指定软件版本安装

8. 以下哪个命令用于为shell脚本添加可执行权限？
A. chmod +r script.sh
B. chmod +w script.sh
C. chmod +x script.sh
D. chmod +rw script.sh

9. 以下哪个通配符可以匹配所有文件？
A. ?
B. *
C. []
D. \

10. 关于文件权限-rwxr--r--，哪个用户拥有执行权限？
A. 所有用户
B. 所属组
C. 所有者
D. 其他用户

✍️ 二、填空题（共10题，每题2分）

1. 使用 ____ 命令可以输出当前所在目录。
2. 在shell中，变量的赋值格式是 变量名=值，注意等号两边 ____。
3. 用于显示某文件的前10行的命令是 _______ file.txt。
4. Linux中查看压缩包中内容不解压的命令是 _____ -ztvf file.tar.gz。
5. 在conda中创建名为rna、Python版本为3.8的环境命令是：conda create -n ____ python=___
6. shell脚本首行一般写为 #!/usr/bin/env ____。
7. 正则表达式中，^表示匹配字符串的____，$表示____。
8. 使用 ____ 命令可以让程序在后台运行，即使终端关闭也继续执行。
9. cut 命令默认以 ____ 为分隔符。
10. 文件路径../data/file.txt是 ____ 路径。

🛠 三、操作题（共6题，每题5分）

1. 创建以下目录结构，并在每层目录中创建一个文本文件 note.txt：

project/
├── raw/
├── clean/
└── result/

2. 将Data.tar.gz解压到当前目录，进入其中的GTF文件目录，使用命令提取第9列的属性字段并只保留gene_id。

3. 使用cut和sort组合命令，对example.gtf文件中的基因ID进行排序并统计去重个数。

4. 创建一个bash脚本：接收一个fastq文件名作为参数，使用fastqc命令进行质控，结果输出到qc_report/目录下。

5. 写一个for循环批量创建文件：SRR1234501.fastq 到 SRR1234510.fastq。

6. 编写脚本：读取一个文件名列表（list.txt），对每一项执行 echo "Processing $id" 并保存到 log.txt 文件中。

🔍 四、代码分析题（共3题，每题6分）

1. 请解释下面代码作用：

for i in {1..5}; do
  touch file$i.txt
done

2. 解释此shell流程的逻辑含义：

if [ $# -lt 1 ]; then
  echo "请传入文件名！"
  exit 1
fi

3. 分析下列awk命令的输出内容：

awk -F "\t" '{print $1, $3}' example.gtf | sort | uniq -c | head

✏️ 五、编程实战题（任选两题，每题10分）

˜题目1：自动下载并解压数据包
编写一个shell脚本download_and_unpack.sh，完成以下任务：

  • 接收一个URL参数；
  • 使用wget下载该压缩包；
  • 若下载成功，则自动解压缩；
  • 输出“下载完成并解压成功”。

题目2：构建conda环境并安装指定软件
请写出一套完整命令：

  • 创建名为 rna 的环境（python=3.8）
  • 添加 bioconda 和 conda-forge 镜像
  • 安装 fastqc=0.11.9 和 hisat2

题目3：判断目录是否存在，不存在则新建
写一个脚本，功能如下：

  • 判断目录 result/ 是否存在
  • 若存在，则输出“目录已存在”
  • 若不存在，则新建并输出“已创建 result/ 目录”

✅ 总分：130 分
💡 建议得分 ≥100 则说明掌握良好，<90 则推荐复习对应模块。

🧪 Linux 生信技能综合测试题 B 卷

目的： 检验应用能力、增强知识迁移。
结构： 多题型并重、配有场景背景与操作挑战。
时间建议： 60～90分钟
总分：130分

📘 一、选择题（共10题，每题2分）

1. 关于以下vim命令 :set ff=unix，其作用是：
A. 显示隐藏字符
B. 转换文件为Unix格式（\n换行）
C. 退出编辑模式
D. 自动保存文件

2. 用于查看当前活动进程的命令是：
A. ps -aux
B. htop
C. top
D. 以上都对

3. 以下关于awk命令的描述，哪一项是正确的？
A. awk 只能用于统计文本长度
B. awk 不能使用变量
C. awk 支持条件、循环等逻辑结构
D. awk 默认以逗号为分隔符

4. 以下命令中，哪个能正确解压 file.tar.gz？
A. tar -zcvf file.tar.gz
B. gzip file.tar.gz
C. tar -zxvf file.tar.gz
D. unzip file.tar.gz

5. 以下哪个命令会导致目录被永久删除？
A. mv test/ /tmp/
B. rm -rf test/
C. rmdir test/
D. cp -r test/ backup/

6. shell脚本中 $# 的含义是：
A. 脚本名
B. 参数个数
C. 最近的PID
D. 退出状态码

7. Conda 中命令 conda deactivate 的作用是：
A. 删除当前环境
B. 安装环境
C. 退出当前激活的环境
D. 清空环境缓存

8. chmod 755 file.sh 后，普通用户对该文件的权限为：
A. 可读写执行
B. 可读执行
C. 只读
D. 无权限

9. 在 Bash 脚本中，进行字符串长度判断的命令是：
A. [ -e STRING ]
B. [ -z STRING ]
C. [ -n FILE ]
D. test STRING

10. 关于 bash 中的 for 循环语句 for id in $(cat list.txt); do …; done，其执行逻辑是：
A. 每次读取 list.txt 的一整行
B. 依次读取 list.txt 中的每个单词
C. 重复执行 10 次
D. 不会执行

✍️ 二、填空题（每题2分，共10题）

1. Linux 中切换当前用户家目录的命令是 ______ 或 ______。
2. 在 shell 中，变量引用推荐使用 ______ 括号来避免歧义。
3. 用于将 fastq 文件名按行合并为一行，可使用命令：paste -s -d ' ' ______。
4. 通常 Conda 的配置文件为 ______，频道配置写入此文件。
5. conda list fast\* 的功能是列出当前环境中所有以 fast 开头的 ______。
6. bash 中，判断目录是否存在的语句是： [ -d <目录> ]，如果不存在则用命令 ______ 新建。
7. vim 中，跳转到当前文件末尾的快捷键是：____
8. awk '{print $2}' file.txt | sort | uniq -c 中，uniq 前面必须接 ______ 命令才能正确统计重复行数。
9. sed 's/_/-/g' 表示将所有 ______ 替换为 ______。
10. nohup 命令常搭配 ______ 使用，使脚本在后台持续运行。

🛠 三、操作题（共6题，每题5分）

1. 用一条命令：在data/目录中查找所有包含 "ATG" 的fasta文件，并将其结果保存为result.txt。

2. 批量将当前目录下所有.fq文件移动到 fastq_files/ 目录中，并使用 tree 命令查看层级结构。

3. 写出一条命令：统计example.gtf文件中第3列（feature）字段中各类注释出现的频次，并按降序排列。

4. 利用 awk 提取example.fq中序列行，并计算该文件中总共有多少碱基（A+T+C+G）。

5. 编写shell脚本：将当前目录下所有.gz文件解压缩，并在日志中记录每个文件解压的开始与结束时间。

6. 创建名为 rnaseq.yml 的 Conda 环境配置文件，包含以下软件及版本：fastqc=0.11.9，hisat2，multiqc，cutadapt=4，并写出导入环境命令。

🔍 四、代码分析题（每题6分，共3题）

1. 请解释下面这段代码的作用：

cut -f9 example.gtf | cut -d ";" -f1 | sort | uniq -c | sort -nr | head

2. 分析下列 shell 脚本流程：

#!/bin/bash
if [ ! -f "$1" ]; then
  echo "文件不存在！"
  exit 1
fi
cat $1 | grep -v "^#" | awk '{print $3}' | sort | uniq -c

3. 判断下面脚本输出的具体内容（输入文件为example.fq）

awk 'NR%4==2' example.fq | tr -d '\n' | wc -c

✏️ 五、实战编程题（任选2题，每题10分）

题目1：设计shell脚本 pipeline.sh
功能要求：

  • 输入一个fastq文件路径作为参数
  • 自动执行：fastqc → cutadapt -q 20 -m 50 → fastqc质控
  • 所有输出结果保存在 qc_out/ 目录下
  • 在 log.txt 中记录每一步耗时

题目2：批量提取GTF中包含某种注释（如CDS）并保存

  • 读取example.gtf
  • 提取所有 feature 为 CDS 的行
  • 输出到新文件 cds_feature.gtf
  • 统计输出文件总行数

题目3：设计一个conda包安装排查脚本
要求如下：

  • 判断当前是否已激活rna环境；若无则激活
  • 安装 fastqc=0.11.9，如果已安装则跳过
  • 安装完成后输出 fastqc 的帮助文档内容

✅ B卷总分：130分
🎯 推荐得分 ≥95，代表你已具备熟练运用 Linux 与 Conda 的能力。

posted @ 2025-05-19 18:12  tomorgen  阅读(18)  评论(0)    收藏  举报