随笔分类 -  lammps学习

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data、input
通过晶格常数sc建立水分子
摘要：1.lammps的代码如下： region 1 block -0 50 0 50 0 50 units box side in #创建区域#创建一个长方体区域，名称为1，坐标的单位就与命令units说指定的距离单位相同 create_box 2 1 & bond/types 1 & angle/ty 阅读全文
posted @ 2020-11-25 19:32 一棵开花的树sysu 阅读(1877) 评论(1) 推荐(0)
linux计算命令——MS导data、node计算命令、周期性设置、定义变量、设置电荷、group分组、shake控制水分子、固定原子为刚性、控制原子结构不变
摘要：1.在lammps中通过car文件导出data文件 (进入工作目录xxx，文件名xxx很严格，文件名和car和mdf的xxx必须要一样。 cd xxx/ msi2lmp.exe xxx -class I -frc clayff -i > out.log ## clayff力场 msi2lmp.exe 阅读全文
posted @ 2019-12-28 23:51 一棵开花的树sysu 阅读(345) 评论(0) 推荐(0)
Linux常用命令大全
摘要：一、笔记 1.cp -r dir2 dir1 复制dri2到dir1里边（同个目录下） 2.cp -r * ../dir2 将dir1里边的所有文件复制到上一级目录的dir2里边（现在所在目录为dir1） 3.mv dir1 new_dir2 重命名/移动一个目录 4.history 看之前的命令（ 阅读全文
posted @ 2019-12-26 11:04 一棵开花的树sysu 阅读(221) 评论(0) 推荐(0)
rdf径向分布函数
摘要：1.rdf的in文件编写： 2.计算结果文件： 阅读全文
posted @ 2019-09-18 21:13 一棵开花的树sysu 阅读(2466) 评论(0) 推荐(0)
ms-data(转载)
摘要：转载:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/10960905.html 1.从美国矿物数据库下载矿物CIF（有晶格） 2.晶胞CIF导入MS 3.选择display style中的ball and stick视图 4.加键add bonds,看看有没有错。此步骤前根 阅读全文
posted @ 2019-09-14 20:37 一棵开花的树sysu 阅读(1505) 评论(0) 推荐(0)
MD笔记
摘要：1.力场中的例子电荷是有效电荷（clayff），有别于化学式中的电荷。 2.游离状态的阳离子（如层间阳离子）的电荷不能变动；而Al-O八面体、Si-O四面体中的离子（Al、Si等）电荷可以微调。 3.minimize是在绝对0度、动能为0的条件下进行结构优化（分子静力学），只对从数据库中得来的模型进 阅读全文
posted @ 2019-06-19 21:16 一棵开花的树sysu 阅读(1740) 评论(3) 推荐(0)
遇错处理方法
摘要：1.ERROR: Incorrect sign arg for dihedral coefficients (../dihedral_harmonic.cpp:291) 阅读全文
posted @ 2019-06-11 15:26 一棵开花的树sysu 阅读(1933) 评论(0) 推荐(0)
Material Studio建蒙脱石模型mmt
摘要：本文所建蒙脱石模型，具体置换原则，建模过程见已发表论文：Wei, P., Zheng Y. et al. Effect of water content and structural anisotropy on tensile mechanical properties of montmorillo 阅读全文
posted @ 2019-06-11 14:56 一棵开花的树sysu 阅读(8551) 评论(12) 推荐(2)
lammps-MD整体思路
摘要：1.收敛性测试 （1）由不同尺寸模型（不同的原子数）和E的关系曲线，再确定尺寸n*n*n； 2.优化结构（nve-nvt-npt） 系综的实现方式（相关命令）：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10808805.html； 三种系综都要设置，依次进行（nve-nvt-np 阅读全文
posted @ 2019-05-08 22:53 一棵开花的树sysu 阅读(1242) 评论(0) 推荐(0)
Clayff力场（转载）
摘要：本文转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4km.html 注意：lammps中并没有完整的clayff势函数，需要将一下三者结合使用。 angle_style harmonic bond_style harmonic pair_style 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:13 一棵开花的树sysu 阅读(4793) 评论(0) 推荐(0)
如何处理遇到的错误-lammps
摘要：一、认清模型——data文件； 二、读懂in文件； 三、当遇到error时，we can do： 1.查错： （1）从out文件中，复制里边的错误信息（copy一部分，不用全部）； （2）进入到lammps官网的13.3.Error messages中，输入“ctrl+F”，出现下图； （3）“粘贴 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:11 一棵开花的树sysu 阅读(1287) 评论(0) 推荐(0)
数据分析及结果
摘要：Note： 1.分子动力学结果分析（学习资料）： https://wenku.baidu.com/view/6d9b9e3a5a8102d277a22f03.html### 2.需要进行计算，可以根据自己的需求去lammps官网上，看相关命令（如：compute命令等）。 一、热力学量的分析 二、动 阅读全文
posted @ 2019-05-04 20:01 一棵开花的树sysu 阅读(441) 评论(0) 推荐(0)
neighbor和neigh_modify（转载）
摘要：（转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4mg.html###） 以下取自：http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=11368&jdfwkey=cnypw3 收集1：neighbor选取的 阅读全文
posted @ 2019-05-04 17:06 一棵开花的树sysu 阅读(11346) 评论(0) 推荐(1)
lammps计算的应力的方法
摘要：摘自：http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps计算的应力有两种： 一是体系整体的应力状态，通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定 阅读全文
posted @ 2019-05-04 16:37 一棵开花的树sysu 阅读(9627) 评论(0) 推荐(0)
系综的实现方式（nve、nvt、npt）
摘要：每个动力学模拟必须要通过fix命令设置系综，若没有设置系综，则就没有时间积分。 一、NVE系综 更新位置和速度，V和E恒定。 velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian #控制原子的初始速度 fix 1 all nve 二、NVT系 阅读全文
posted @ 2019-05-04 16:19 一棵开花的树sysu 阅读(16542) 评论(0) 推荐(0)
packmol建模流程-计算
摘要：一、建模流程（modelling procedure）： 1.美国数据库下载amc、cif文件：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 2.导入vesta转成pdb1文件 3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件 （1）测模型中心点的坐标， 命令： 阅读全文
posted @ 2019-04-15 18:44 一棵开花的树sysu 阅读(4623) 评论(12) 推荐(0)

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