摘要：
做生信分析的人越来越多，但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西，但它的成本优势更多体现在大数据处理上，每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时，云计算才会比自建维护机房要划算得多。如果处理的数据不大，自己组装个服务器要划算得多。 之前在《年轻人的第一台服务器：最低不到五千，捡 阅读全文
posted @ 2020-07-11 19:05
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摘要：
介绍 全基因组关联分析（GWAS）是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下，GWAS 发现的最显著的 SNP（top SNP 或者 index SNP）并不是真正造成影响的causal SNP（因果SNP），而是因为跟 causal SNP 之间存在的 LD 而变得显著。因而，后续还需 阅读全文
posted @ 2020-07-09 09:51
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摘要：
现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果，可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多，不过有时可能满足不了需要。这里，推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb（http://mulinlab.tmu.edu.cn/causa 阅读全文
posted @ 2020-07-07 16:56
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摘要：
什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言，既可以写后端，也可以做数据分析，既可以智能化运维，也可以搞渗透，既可以写爬虫，又可以做机器学习深度学习。然而，Python 的缺点也很明显，它的速度有点慢。 我们从官方网站下载到的版本，默认是采用了 CPython 解释器，它也是用得最广的解释器。以 阅读全文
posted @ 2020-07-05 15:45
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21世纪是生物的世纪，生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候，这些工具的计算时间并不会太长，可以让人接受。但在数据规模庞大时，可能就 hold 不住，等待时间让人发指。 加速大规模生物数据的分析速度有很多方法，其中利用 GPU 加速基因组 阅读全文
posted @ 2020-06-20 12:57
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开篇三问 Q：有什么需求？ A：跑耗资源的科学运算。 Q：为什么捡垃圾？ A：因为穷。 Q：怎么捡垃圾？ A：全能的淘宝。 三个开篇问题，算是写这篇剁手文章的借口理由。普通 PC 很难支撑得起耗费资源的科学运算，但服务器的价格一般比较惊人。这时就可以发挥下图拉丁吧的垃圾佬精神，用各种二手配件来组建自 阅读全文
posted @ 2020-06-13 19:56
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上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异（mu 阅读全文
posted @ 2020-06-13 19:50
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检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test（跨 阅读全文
posted @ 2020-06-13 19:48
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如果手头上有多个设备，需要经常轮换着使用，又或者经常出门不想带太沉的笔记本电脑，想随时随地写代码，Web IDE 可以帮到你。 Web IDE，顾名思义就是云端开发环境，把 IDE 部署在云上。打开浏览器，连上云 IDE，就可以方便敲代码跑程序。想象一下，带上一台iPad或者华为、小米平板，配上蓝牙 阅读全文
posted @ 2020-06-13 19:43
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简介 3D 人脸是非常有趣的研究领域。face3D 是一个基于 Python 的开源项目（https://github.com/YadiraF/face3d），实现了 3D 人脸研究的众多功能。它可以处理网格数据，用形变模型生成 3D 人脸，从单张二维人脸图片和关键点重建三维图像，渲染不同光照条件的 阅读全文
posted @ 2020-06-13 19:38
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