实验盒

摘要： 随着基因测序技术的飞速发展，我们面临着一个巨大的挑战：如何高效地处理和分析海量的基因组数据。 2025年1月21日，发表在《Nature Communications》上的一篇论文提出了一个名为“稀疏化基因组学”（Sparsified Genomics）的新概念，通过系统性地排除基因组序列中的大量碱 阅读全文

摘要： 在计算生物学和生物信息学领域，机器学习技术正迅速改变着我们对生物系统的研究方式。然而，随着模型复杂度的增加，如何解释这些模型的行为并从中提取生物学意义，成为了一个亟待解决的问题。 最近，卡内基梅隆大学的Jian Ma和Ameet Talwalkar团队在《Nature Methods》杂志上发表了一 阅读全文

摘要： 近年来，大语言模型（LLMs）在自然语言处理领域取得了巨大进展，极大地提升了人机交互的效率和精准度。而在计算生物学中，蛋白质序列被类比为自然语言，基于此的蛋白质大语言模型（PLLMs）也应运而生。然而，PLLMs的应用往往需要复杂的预处理和脚本开发，这使得非计算背景的研究人员难以充分利用其潜力。针对 阅读全文

摘要： 下面是一些开源的深度学习与大语言模型教程书籍，可以从 GitHub 免费下载。 神经网络与深度学习 链接： https://nndl.github.io/ 介绍： 系统地整理了神经网络和深度学习的知识体系。鉴于深度学习涉及的知识点较多，本书从机器学习的基本概念、神经网络模型以及概率图模型三个层面来串 阅读全文

摘要： 如果因为网络问题无法下载安装 Docker，无法使用 Docker Hub 镜像，可以使用下面的方法解决。 第三方 Docker 安装镜像 使用脚本镜像一键安装 Docker： sudo curl -fsSL https://gitee.com/tech-shrimp/docker_installe 阅读全文

摘要： 新西兰奥塔哥大学高级讲师（Senior Lecturer ） Paul P. Gardner 在 bioRxiv 上发表了一篇名为《A Bioinformatician, Computer Scientist, and Geneticist lead bioinformatic tool devel 阅读全文

摘要： 背景 血缘系数、亲缘系数、近交系数等表征亲缘关系的统计量，在遗传学中经常使用。然而，这些概念很容易混淆。下面是几个概念的区别。注意的是，这些名词大多由英文翻译而来，而不同地方的中文翻译可能会有所差异，以英文名词为准。 介绍之前简单说一下同源性（Identity by Descent, IBD）的概念 阅读全文

摘要： 通过脚本从 stable channel 自动安装稳定版： curl -fsSL https://get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 也可以选择 test channel 安装预发布版本（alpha, beta, rc）等： curl - 阅读全文

摘要： 多模态蛋白质语言模型是一个新兴的方向。 《Multi-scale Protein Language Model for Unified Molecular Modeling》是一篇发表在ICML 2024的文献，作者是 Kangjie Zheng、Siyu Long、Tianyu Lu、Junwei 阅读全文

摘要： BioCLIP 是一个利用图像和结构化生物知识回答生物学问题的多模态大模型。通过在生命之树（生物学分类）上训练模型，增强了对自然界层次结构的理解，具有强大的可泛化性。文章还创建了 TreeOfLife-10M 生物图像数据集，代码和数据集均已开源。 摘要 文章指出，自然世界图像的收集变得越来越普遍， 阅读全文