摘要:R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据,需要等很长时间。 在需要读取大文件时,尤其读取列数特别多的文件,不妨试试 data.table 包(https://cran.r-project.org/web/packages/data.table 阅读全文
posted @ 2021-01-28 19:28 实验盒 阅读(237) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Haplotype-based GWAS(单倍型全基因组关联分析)是基于 haplotype (单倍型)进行的关联分析,在基因组层面寻找与表型相关的变异。 Haplotype 是由一条染色体或线粒体上紧密连锁的多个等位基因组合形成, 每一种组合方式即为一种 haplotype。比如,上图中有 3 个 阅读全文
posted @ 2021-01-24 20:36 实验盒 阅读(126) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:早上收到邮件,HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是,系统还得手动安装: This server comes installed without an OS due to the disk size. You will have to mount an ISO, change 阅读全文
posted @ 2020-12-08 10:44 实验盒 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:该选择多少个主成分 群体结构(population structure),或者说群体分层(population stratification),是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因频率的系统差异。这种系统差异,是全基因组关联研究(GWAS)中影响非常大的混淆变量,可以造成非常大的假 阅读全文
posted @ 2020-11-16 16:55 实验盒 阅读(1379) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:狗是第一个被驯化的动物,可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过,狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究,但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖,有些问题依旧未能解决。 化石 DNA 是研究起源问题非常好的材料。不过,众所周知,在古代化石中测出全基因组序列是一件很困难的事情。以前只有 阅读全文
posted @ 2020-11-15 18:25 实验盒 阅读(147) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包,速度估计会抓狂,说不定还总是失败。 解决方法很简单,只需要把官方镜像替换为国内的镜像。网上搜的教程一般是清华或者中科大源。不过,由于授权问题,中科大的 Anaconda 源已经停止服务。目前可以使用用清华或者北外的源。 添加清华 阅读全文
posted @ 2020-10-30 22:12 实验盒 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。 Portainer 链接:https://www.portainer.io Portainer 是一个轻量化的 Docker 图形化管理工具,可以用来管理 Docker 阅读全文
posted @ 2020-10-28 19:53 实验盒 阅读(502) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办? 具体看看着报错信息: OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 4096 current, 8251551 max OpenBLAS b 阅读全文
posted @ 2020-09-02 21:55 实验盒 阅读(1205) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据,这里以 plink 格式的文件为例。 筛选SNP SNP 数量太多,计算会非常 阅读全文
posted @ 2020-07-26 23:04 实验盒 阅读(670) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受 阅读全文
posted @ 2020-07-19 18:11 实验盒 阅读(744) 评论(0) 推荐(0) 编辑