摘要:在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。 Portainer 链接:https://www.portainer.io Portainer 是一个轻量化的 Docker 图形化管理工具,可以用来管理 Docker 阅读全文
posted @ 2020-10-28 19:53 实验盒 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办? 具体看看着报错信息: OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 4096 current, 8251551 max OpenBLAS b 阅读全文
posted @ 2020-09-02 21:55 实验盒 阅读(237) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据,这里以 plink 格式的文件为例。 筛选SNP SNP 数量太多,计算会非常 阅读全文
posted @ 2020-07-26 23:04 实验盒 阅读(108) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受 阅读全文
posted @ 2020-07-19 18:11 实验盒 阅读(106) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比自建维护机房要划算得多。如果处理的数据不大,自己组装个服务器要划算得多。 之前在《年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡 阅读全文
posted @ 2020-07-11 19:05 实验盒 阅读(276) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而是因为跟 causal SNP 之间存在的 LD 而变得显著。因而,后续还需 阅读全文
posted @ 2020-07-09 09:51 实验盒 阅读(244) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(http://mulinlab.tmu.edu.cn/causa 阅读全文
posted @ 2020-07-07 16:56 实验盒 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言,既可以写后端,也可以做数据分析,既可以智能化运维,也可以搞渗透,既可以写爬虫,又可以做机器学习深度学习。然而,Python 的缺点也很明显,它的速度有点慢。 我们从官方网站下载到的版本,默认是采用了 CPython 解释器,它也是用得最广的解释器。以 阅读全文
posted @ 2020-07-05 15:45 实验盒 阅读(99) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞大时,可能就 hold 不住,等待时间让人发指。 加速大规模生物数据的分析速度有很多方法,其中利用 GPU 加速基因组 阅读全文
posted @ 2020-06-20 12:57 实验盒 阅读(96) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:开篇三问 Q:有什么需求? A:跑耗资源的科学运算。 Q:为什么捡垃圾? A:因为穷。 Q:怎么捡垃圾? A:全能的淘宝。 三个开篇问题,算是写这篇剁手文章的借口理由。普通 PC 很难支撑得起耗费资源的科学运算,但服务器的价格一般比较惊人。这时就可以发挥下图拉丁吧的垃圾佬精神,用各种二手配件来组建自 阅读全文
posted @ 2020-06-13 19:56 实验盒 阅读(355) 评论(0) 推荐(0) 编辑