11.R语言流程

 

1、安装软件包

     常见软件仓库3个：

     1.1 CRAN :          

                 install.packages('package')

     1.2 Bioconductor:         

     if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
          install.packages("BiocManager")

     BiocManager::install(version = "3.10")       ##安装DSS包：library（‘BiocManager’) BiocManager::install('DSS')  # 'methylkit'

    1.3 GitHub

           library('devtools')    ##install.packsges('devtools')

           install_github('package')

2、清楚环境中已拥有的变量

3、设置工作目录

     getwd()

     setwd('D:/work')

4、加载软件包

     library（‘package’）

5、读取文件

     read.csv : read.csv(file='file.csv',header=T,row.name=1)   ##,分割

     read.table :                                                                        ##默认tab 分割

     read.delim:                                                                        ##可以设定分割符sep='\t'等

6、执行命令

7、结果写入

     csv 格式输出：

           wirite.csv(data,file="out.csv",col.names=T,row.names=T，quota=F)

     tab 格式输出

          wirite.table(data,file="out.txt",col.names=T,row.names=T，quota=F,sep="\t")

8、图片输出

    8.1 位图：

    png(file="out.png",height=800,width=600,units="px",res=72)    ##units 像素  ；res 分辨率（ppi）

    绘图命令

   Dev.off()

   

   8.2 矢量图

   pdf(file="out.pdf",height=8,width=6)    ##pdf 尺寸单位是英寸（inch）

   绘图命令

   dev.off()