DNA甲基化

一、N6-Methyladenine DNA Modification in Human Genome

https://www.semanticscholar.org/paper/N6-Methyladenine-DNA-Modification-in-Human-Genome-Xiao-Zhu/dd308f443dc0b0b771895bfcf6a6342ef05c4a56

https://github.com/PacificBiosciences/kineticsTools

https://www.pacb.com/search/?q=meythlation

1、位点统计分布（常染色体，性染色体，线粒体；在内含子外显子基因间区分布）

      核基因组6mA（pb 测序） ：   881,241位点   6mA/A= 0.051 % （质谱分析结果0.056%）与果蝇的密度接近（0.07%）

      线粒体基因组 ：   6mA/A = 0.18%

      pb 测序没有办法区分1mA 与6mA ；为验证血液中是否有1mA 重新用质谱分析了1mA ，这种方法没有发现1mA 的存在，说明用pb 检测6mA 的方法是可以用的。

      为了验证pb 分析的准确情况，用6mA-IP-qPCR测序（随机抽取18个位点验证）

      x Y 染色体6mA位点较少，5mC 分布较多（可能6mA 与5mC 有负相关）；线粒体序列分布较多；着丝粒有低密度的6mA,可能与高重复有关

     5mC 在启动子位点有重要作用；因此研究了TSS 上下游3k的序列，没有发现明显有意义的。

     6mA（exon） 与gene 表达正相关.

     (pb测序，6mA-IP-qPCR，质谱分析)

2、6mA 广泛分布基因组中，6mA位点主要的motif 序列 是 [G/C]AGG[C/T]

      提取6mA位点的上下游20bp序列，同意MeMe 软件确认motif 序列

       别的物种常见分布：TSS，repeat， 广泛分布）

     位点主要分布在内含子和基因间区；与6mA相关的基因占比较高；位点密度在外显子中富集，可能与基因调控有关

3、证实了6mA 甲基化和去甲基化酶

4、6mA甲基化丰度与基因表达的关系

5、肿瘤组织中6mA 的甲基化丰度相比于癌旁的正常组织偏低DNA甲基化与 基因印记，染色体失活，转座子抑制，基因表达，胚胎发育，肿瘤发生有关；真核生物中由于5mC高的丰度和重要性是主要研究对象，原核生物则主要是6mA；6mA 主要促进和抑制基因和转座子的表达情况（Chlamydomonas reinhardti (Fu et al., 2015),Caenorhabiditis elegans (Greer et al., 2015), Drosophila melanogaster (Zhang et al.,2015), fungi (Mondo et al., 2017), mouse (Wu et al., 2016), zebrafish and pig (Liu etal., 2016b) ；

 二、https://www.jianshu.com/p/3645e759f665

http://www.cloud-seq.com.cn/product-item-24.html

https://wenku.baidu.com/view/4bb7a52ff08583d049649b6648d7c1c708a10bef.html

https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/Methylome-Analysis-Technical-Note

1、HPLC： 高效液相色谱。 LC-MS：液相色谱 质谱联用。LC是分离,MS是检测 LC-MS-MS：液相二级质谱，是将经过第一次质谱检测的离子以某种方式碎裂后再进行质谱检测。

2、6mA-IP-seq（SYSY的抗体和Abcam的抗体） 6mA-IP-qPCR, 6mA-RE-qPCR

3、免疫组织化学（IHC）

4、dot blot, MS（质谱仪）和免疫细胞荧光(ICC)

三、甲基化是胞嘧啶依S-腺苷甲硫氨酸为供体，甲基与胞嘧啶发生化学反应过程。