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nlkjuh
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2025年8月30日
Seurat分析空间数据集(10x Visium 非HD)
摘要: 内容参考官方教程 数据读取、数据预处理、基因表达可视化、降维,聚类和可视化、交互式绘图、识别空间可变特征、细分解剖区域、与单细胞数据集成、在Seurat中处理多个切片 关于 $10X$ 数据 \(10X\) 数据是指通过 \(10X Genomics\) 平台 产生的单细胞或单细胞核测序原始数据。
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posted @ 2025-08-30 17:24 Nlkjuh
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2025年7月30日
Seurat
摘要: \(10X\) 数据读取、标准化数据、特征选择、主成分分析、细胞聚类、非线性降维、簇生物标志物选取、集群注释 整体代码 setwd("E:\\AAA大创\\代码注释版\\暑假练习\\Seurat") # BiocManager::install("Seurat") library(Seurat) l
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posted @ 2025-07-30 22:41 Nlkjuh
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WGCNA
摘要: 数据读入、数据预处理、样本聚类、软阈值筛选、网络构建、可视化基因网络、导出网络图、关联表型数据、散点图相关性分析、分步法分析。 文中所用数据来自\(GSE17536\) 整体代码 library(WGCNA) library(stringr) setwd('E:\\AAA大创\\代码注释版\\暑假练
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posted @ 2025-07-30 22:35 Nlkjuh
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