随笔分类 - GS
摘要：目录主要内容小编碎碎念 几个月前就听说华大万物联合上海师范大学开发了基因组选择的工具CropGS，一直比较好奇。近日文章已经发表见刊，得以一窥究竟。 主要内容 以往的作物GWAS数据库集中在表型和基因型之间的关联，只有少数数据库充分利用表型和基因型资源来构建和托管农艺性状的基因组预测模型。如NHGR
阅读全文
摘要：目录课程介绍培训形式课程对象课程收获课程安排主讲专家收费标准扫码报名交费方式联系方式 课程介绍 全基因组选择（Genomic selection, GS）是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法，简言之就是在全基因组范围内的标记辅助选择。全基因组选择作为新一代的育种技术，通过构建预测模
阅读全文
摘要：目录GS应用的四个场景情景1情景2情景3情景4 本文整理自Giovanny E Covarrubias Pazaran博士的报告《Genomic Selection in R》，他是国际水稻研究所植物育种和遗传学博士，具有强大的统计学背景以及具有从事育种计划和实践研究的丰富经验，是R和SAS等不同软
阅读全文
摘要：目录简介材料方法数据集SoyDNGP的模型结构比对模型的处理主要结果SoyDNGP在大豆基因组预测中展现了出色的能力大豆基因组预测中SoyDNGP与其他算法的性能比较SoyDNGP模型在不同大豆群体中的多功能预测能力SoyDNGP 在大豆之外的广泛应用SoyDNGP是一个面向大豆基因组预测的开放友好
阅读全文
摘要：看到很多基因组选择教程，包括文献资料、R包文档和demo，都是很学术化的：划分训练集和测试集后，一股脑儿建模预测跑下来，比较下准确性。 但在实际应用中，建模和预测并非连在一起，通常是分开进行的。用参考群构建好了模型，用测试群来代入模型做预测。不理解这个过程，你都不知道模型到底是个啥，长什么样，有哪些
阅读全文
摘要：来自Paulino Pérez-Rodríguez和José Crossa两位GS领域大佬的报告。 从GBLUP到RRBLUP，再到BRR理论 使用经典数据集CIMMYT wheat 599 BGLR示例 更多信息请关注微信公众号：
阅读全文
摘要：[toc] ## 机器学习与GP 与动物育种相比，植物的基因组选择必须通过环境相互作用来考虑更大的基因型，并且需要添加适当的多环境试验数据。 机器学习 （ML） 和深度学习 （DL） 算法比线性预测模型更复杂，可以发现数据集中的非线性关系。与以前的方法相比，随机森林、支持向量机和人工神经网络由于其非
阅读全文
摘要：在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc
阅读全文
摘要：[toc] >来自徐云碧老师的《大数据与智能育种》报告的问答记录 ## 问题 1、大数据育种在国内外的发展现状？ 2、国内大数据育种的主要玩家及其优劣势？ 3、大数据育种企业的发展路径？ 4、大数据育种的盈利模式？ 5、未来行业政策的评估与预测？ ## 徐老师回复 这些问题覆盖面广，不是简单几句就能
阅读全文
摘要：[toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。 ![Schematic-drawing-of-a-generalised-genomic-selection-strategy-showing-the-training.png](https://upload-ima
阅读全文
摘要：目前水稻、小麦和玉米等作物GS应用主要在两个有代表性的国际组织开展，一是国际玉米小麦改良中心（CIMMYT），二是国际水稻所（IRRI），这两个都是国际农业研究协商小组（CGIAR）下属16个国际农业研究中心之一。本文（Genomic Prediction: Progress and Perspec
阅读全文
摘要：这个报告来自扬州大学徐辰武老师，比较系统地总结了他们在GS应用于作物（主要是水稻）方面的研究，值得一看。 动物育种一般只考虑加性效应，而在植物育种中，除了加性效应，往往还需考虑显性和上位性效应，尤其是对杂交种预测。 MV-ADV：其他性状对目标性状有影响，作为协变量处理。 以上是测试群体有表型的情况
阅读全文
摘要：GS两步走 示例 缩短周期和成本 分类 杂交类型 试验研究 选择响应 选择的强度 选择的周期 预测能力 数据分析的注意事项 GS实施 优缺点 GS的成功 展望 本课件来自Jose Osorio的报告（2013IIIinois Corn Breeders' School）
阅读全文
摘要：2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展，目前还只是预印版（改到第二版）。这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展，长达48页。不同于其他的综述描写空洞宽泛，这一篇特别对模型方法进行了介绍，正好解决了我的需求。缺点就是可能重点说明了他们自己开发的算法，其他模型算法介
阅读全文
摘要：简介 R包sommer内置了C++，运算速度还是比较快的，功能也很丰富，可求解各种复杂模型。语法相比于lme4包也要好懂一些。 建议查看文档：vignette("v1.sommer.quick.start") 混合线性模型关键在于协方差结构的建立，有以下几类： 复合对称（Compound Symme
阅读全文
摘要：1. 优势杂交育种预测 杂交育种：选育优良纯合亲本，再进行亲本配组。 杂种优势与亲本间的遗传差异有关，前人通过遗传标记计算亲本间的遗传距离。但遗传距离和杂种优势的相关性只能在一定程度上定性地评价杂交组合的表现，并不能定量地预测表现。 从利用遗传标记的QTL到早期家畜的BLUP方法，GS应用初具雏形，
阅读全文
摘要：最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。 1.GWAS模型 GWAS是表型和基因型之间的相关性分析，然而这个相关性用什么统计方法？ GWAS模型的发展： 1.1卡方检验 实际比例是否符合预期分离比例，若不符合则认为
阅读全文
摘要：说明 Enhancing Genetic Gain through Genomic Selection: From Livestock to Plants 这篇是徐云碧老师2019年发表在《Plant Communications》上的综述。徐老师是农科院作科所以及CIMMYT的分子育种专家，著有《
阅读全文
摘要：中国农业大学等多家单位2017年合作发表在《遗传》杂志上的综述，笔记之。 作者中还有李宁院士，不胜唏嘘。 1.概述 GS的两大难题：基因组分型的成本，基因组育种值（genomic estimted breeding value, GEBV）的准确性。 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱
阅读全文
浙公网安备 33010602011771号