随笔分类 -  生物信息学

摘要：在使用TwoSampleMR分析样本的时候，时长遇到clump_data报错，原因是需要联网，其实可以在本地clump数据，使用ieugwasr包里面的ld_clump_data函数 ，在安装TwoSampleMR的时候会自动安装ieugwasr包，如果需要最新的包，可以使用： remotes::i 阅读全文

摘要：链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11803311.html 阅读全文

摘要：链接：> https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=2247484734&idx=1&sn=6c4a5ba21bad0058ead4f0e8d9399c72&chksm=ce2d6b5ef95ae248ae7566d87d8aa4a3 阅读全文

摘要：BETA 和OR 换算 OR= exp(BETA) se 计算 有 beta、p ，计算se； se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 有 or、p ，计算se； se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) zscore计算 有 beta、 阅读全文

摘要：以https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-b-7330/为例: 原始文件形如： 转换代码 library(vcfR) getwd() a_data = read.vcfR('../ukb-b-7330.vcf.gz') str(a_data) head(a_da 阅读全文

摘要：登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类 ，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog 阅读全文

摘要：> http://www.bio-info-trainee.com/1469.html 阅读全文

摘要：> 参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d 阅读全文

摘要：##wsl2中R语言使用注意事项 #### 1.在archlinux中使用命令`sudo pacman -S r`安装R语言 #### 2.使用部分安装包的时候会报错fortran相关库缺失，可以使用命令`sudo pacman -S gcc-fortran`安装相应的库 #### 3.当初次运行` 阅读全文