neovim 配置详解（转载）
摘要：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/643033884 阅读全文
posted @ 2023-10-05 04:16 消失的森林 阅读(100) 评论(0) 推荐(0)
本地clump data
摘要：
在使用TwoSampleMR分析样本的时候，时长遇到clump_data报错，原因是需要联网，其实可以在本地clump数据，使用ieugwasr包里面的ld_clump_data函数 ，在安装TwoSampleMR的时候会自动安装ieugwasr包，如果需要最新的包，可以使用： remotes::i 阅读全文
posted @ 2023-09-20 17:34 消失的森林 阅读(6014) 评论(0) 推荐(0)
转载：陈文燕生物信息学部分教程（全基因组关联分析)
摘要：
链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11803311.html 阅读全文
posted @ 2023-09-19 12:20 消失的森林 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)
转载:孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效（power）和样本量计算
摘要：
链接：> https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=2247484734&idx=1&sn=6c4a5ba21bad0058ead4f0e8d9399c72&chksm=ce2d6b5ef95ae248ae7566d87d8aa4a3 阅读全文
posted @ 2023-09-19 12:18 消失的森林 阅读(462) 评论(0) 推荐(0)
SE,BETA,OR,P直接转换
摘要：
BETA 和OR 换算 OR= exp(BETA) se 计算 有 beta、p ，计算se； se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 有 or、p ，计算se； se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) zscore计算 有 beta、 阅读全文
posted @ 2023-09-19 09:19 消失的森林 阅读(4130) 评论(0) 推荐(0)
将vcf文件转成孟德尔随机化分析格式
摘要：
以https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-b-7330/为例: 原始文件形如： 转换代码 library(vcfR) getwd() a_data = read.vcfR('../ukb-b-7330.vcf.gz') str(a_data) head(a_da 阅读全文
posted @ 2023-09-19 09:07 消失的森林 阅读(2992) 评论(6) 推荐(0)
下载微生物数据（孟德尔随机化）
摘要：
登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类 ，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog 阅读全文
posted @ 2023-09-09 17:39 消失的森林 阅读(1003) 评论(0) 推荐(0)
vim安装插件
摘要：
### 安装插件管理工具 ``` curl -fLo ~/.vim/autoload/plug.vim --create-dirs https://raw.githubusercontent.com/junegunn/vim-plug/master/plug.vim ``` ### 编辑~/.vim 阅读全文
posted @ 2023-09-06 16:53 消失的森林 阅读(107) 评论(0) 推荐(0)
参考基因组的对应关系
摘要：
> http://www.bio-info-trainee.com/1469.html 阅读全文
posted @ 2023-09-06 15:32 消失的森林 阅读(28) 评论(0) 推荐(0)
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