消失的森林 - 博客园

macOS上proxychains使用注意事项

摘要：在使用brew安装的proxychains的时候，配置文件位于/usr/local/etc/proxychains 在高版本macos上，默认启用了SIP保护，所以/usr/bin/目录下的文件无法使用proxychains 解决办法： 3.1 关闭SIP保护首先重启Mac，按住Option键进入阅读全文

posted @ 2023-10-06 14:47 消失的森林阅读(817) 评论(0) 推荐(0)

neovim 配置详解（转载）

摘要： https://zhuanlan.zhihu.com/p/643033884 阅读全文

posted @ 2023-10-05 04:16 消失的森林阅读(79) 评论(0) 推荐(0)

本地clump data

摘要：在使用TwoSampleMR分析样本的时候，时长遇到clump_data报错，原因是需要联网，其实可以在本地clump数据，使用ieugwasr包里面的ld_clump_data函数，在安装TwoSampleMR的时候会自动安装ieugwasr包，如果需要最新的包，可以使用： remotes::i 阅读全文

posted @ 2023-09-20 17:34 消失的森林阅读(5782) 评论(0) 推荐(0)

转载：陈文燕生物信息学部分教程（全基因组关联分析)

摘要：链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11803311.html 阅读全文

posted @ 2023-09-19 12:20 消失的森林阅读(123) 评论(0) 推荐(0)

转载:孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效（power）和样本量计算

摘要：链接：> https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=2247484734&idx=1&sn=6c4a5ba21bad0058ead4f0e8d9399c72&chksm=ce2d6b5ef95ae248ae7566d87d8aa4a3 阅读全文

posted @ 2023-09-19 12:18 消失的森林阅读(434) 评论(0) 推荐(0)

SE,BETA,OR,P直接转换

摘要： BETA 和OR 换算 OR= exp(BETA) se 计算有 beta、p ，计算se； se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 有 or、p ，计算se； se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) zscore计算有 beta、阅读全文

posted @ 2023-09-19 09:19 消失的森林阅读(4046) 评论(0) 推荐(0)

将vcf文件转成孟德尔随机化分析格式

摘要：以https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-b-7330/为例: 原始文件形如：转换代码 library(vcfR) getwd() a_data = read.vcfR('../ukb-b-7330.vcf.gz') str(a_data) head(a_da 阅读全文

posted @ 2023-09-19 09:07 消失的森林阅读(2892) 评论(6) 推荐(0)

下载微生物数据（孟德尔随机化）

摘要：登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog 阅读全文

posted @ 2023-09-09 17:39 消失的森林阅读(852) 评论(0) 推荐(0)

vim安装插件

摘要： ### 安装插件管理工具 ``` curl -fLo ~/.vim/autoload/plug.vim --create-dirs https://raw.githubusercontent.com/junegunn/vim-plug/master/plug.vim ``` ### 编辑~/.vim 阅读全文

posted @ 2023-09-06 16:53 消失的森林阅读(89) 评论(0) 推荐(0)

参考基因组的对应关系

摘要： > http://www.bio-info-trainee.com/1469.html 阅读全文

posted @ 2023-09-06 15:32 消失的森林阅读(16) 评论(0) 推荐(0)