2023年9月19日

转载：陈文燕生物信息学部分教程（全基因组关联分析)

摘要： 链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11803311.html 阅读全文

posted @ 2023-09-19 12:20 消失的森林 阅读(120) 评论(0) 推荐(0)

转载:孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效（power）和样本量计算

摘要： 链接：> https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=2247484734&idx=1&sn=6c4a5ba21bad0058ead4f0e8d9399c72&chksm=ce2d6b5ef95ae248ae7566d87d8aa4a3 阅读全文

posted @ 2023-09-19 12:18 消失的森林 阅读(422) 评论(0) 推荐(0)

SE,BETA,OR,P直接转换

摘要： BETA 和OR 换算 OR= exp(BETA) se 计算 有 beta、p ，计算se； se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 有 or、p ，计算se； se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) zscore计算 有 beta、 阅读全文

posted @ 2023-09-19 09:19 消失的森林 阅读(3940) 评论(0) 推荐(0)

将vcf文件转成孟德尔随机化分析格式

摘要： 以https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-b-7330/为例: 原始文件形如： 转换代码 library(vcfR) getwd() a_data = read.vcfR('../ukb-b-7330.vcf.gz') str(a_data) head(a_da 阅读全文

posted @ 2023-09-19 09:07 消失的森林 阅读(2838) 评论(6) 推荐(0)

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