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速来围观！——三种NCBI常见数据库 在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。因此，数据库的优劣对注释结果至关重要。本期小编为大家带来的是NCBI上的三个重要的数据库—NR/NT，Ta 阅读全文
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微生物群落多样性测序与功能分析 1.几个概念：16S rDNA（或16S rRNA）；OTU；测序区段。 1.3测序区段：由于16S rDNA较长（1.5kb），我们只能对其中经常变化的区域也就是可变区进行测序。16S rDNA包含有9个可变区，分别是v1-v9。一般我们对v3-v4双可变区域进行扩 阅读全文
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分子伴侣（Chaperone），又称为侣伴蛋白（molecular chaperone）。英文单词原意是指姆，即负责监管、教育年轻未婚少女的行为的老年妇女。是一类协助细胞内分子组装和协助蛋白质折叠的蛋白质。包括热休克蛋白Hsp60和Hsp70两个家族。另外，使用ATP协助蛋白质折叠只是一部分分子伴侣 阅读全文
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核糖体RNA的沉降系数：“S”（沉降速度）这个单位是不能直接简单相加的，因为它代表沉降速度的度量而不是质量。每个亚基的沉降速度既受到其形状的影响，又受到其质量的影响。原核细胞及真核细胞内共生体的70S核糖体中包含3种沉降系数不同的rRNA，其中30S核糖体亚基中包含16S rRNA，50S核糖体亚基 阅读全文
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转运-信使RNA（Transfer-messenger RNA），是一种细菌的RNA分子，是tRNA和信使RNA类似物。 tmRNA的用途十分广泛，它可用于回收停滞的核糖体，并有利于异常的信使RNA的降解。 阅读全文
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微阵列杂交(Microarray Hybridization) 1.简介： 阅读全文
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Mantel test 是对两个矩阵相关关系的检验，由Nathan Mantel在1976年提出。之所以抛开相关系数发展这样一种方法，是因为相关系数只能处理两列数据之间的相关性，而在面对两个矩阵之间的相关性时就束手无策。Mantel检验专治这种不服。 这种方法多用于生态学上，不同的样本case对应不 阅读全文
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在日常数据分析工作当中，回归分析是应用十分广泛的一种数据分析方法，按照涉及自变量的多少，可分为一元回归分析和多元回归分析；按照自变量和因变量之间的关系类型，可分为线性回归分析和非线性回归分析。 回归分析的实施步骤： 1）根据预测目标，确定自变量和因变量 2）建立回归预测模型 3）进行相关分析 4）检 阅读全文
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蛋白质免疫印迹可应用于：（1）从蛋白质混合物中检出目标蛋白质；（2）定量或定性确定细胞或组织中蛋白质的表达情况；（3）用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋白质-RNA相互作用后续分析。 底物化学发光ECL法 1.实验方法原理 Western免疫印迹，是将蛋白质转移到膜上，然后利用抗体进行检测的方法 阅读全文
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说起提基因组DNA做模板，上千份样本让人心烦意乱，每到采样季，多少研究生都不愿想起那些年洗过的研钵和无数的EP管。菌落PCR，各种处理后，酵母、农杆菌等还没裂开，而做实验的您估计脑袋快要炸开了！多想有一款靠谱的直接PCR产品来拯救实验，拉您跳出基因组DNA提取泥潭！聚合美超光速Mix及PCR扩增伴侣 阅读全文