2022年10月14日
JCVI作图进阶系列（三）
摘要： 多物种的local synteny区域共线性分析 还是以peach、grape和cacao为例，我们以grape作为reference，进行grape-peach以及grape-cacao的local synteny作图展示 jcvi进阶作图（二）中已经进行过了grape-peach的local s 阅读全文
posted @ 2022-10-14 17:12 pd_liu 阅读(659) 评论(0) 推荐(0)
JCVI作图进阶系列（二）
摘要： local synteny plot, focus on gene-level show matching regions along with aligned gene models. 参考自官网教程pairwise-synteny-plot PS：第一步输入文件源自系列（一）的输出结果 一、准备 阅读全文
posted @ 2022-10-14 16:29 pd_liu 阅读(756) 评论(1) 推荐(0)
JCVI作图进阶系列（一）
摘要： 尝试JCVI画多个物种间的共线性。本文尝试三物种共线性分析及作图。 参考官网教程Github官网示例流程 一、数据格式转换 ###获取数据 $ python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica,Tcacao $ python -m jcvi 阅读全文
posted @ 2022-10-14 00:08 pd_liu 阅读(2220) 评论(0) 推荐(0)