JCVI作图进阶系列（三）

多物种的local synteny区域共线性分析

还是以peach、grape和cacao为例，我们以grape作为reference，进行grape-peach以及grape-cacao的local synteny作图展示

jcvi进阶作图（二）中已经进行过了grape-peach的local syntent分析，因此blocks构建不必再做，这里只需要补充grape-cacao的blocks构建即可。

参考自MCscan-(Python-version)

#构建grape-cacao的blocks文件
python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape cacao --cscore=.99
python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.cacao.lifted.anchors --iter=1 -o grape.cacao.i1.blocks

一、准备工作

#construct multi-synteny blocks（combine blocks）

python -m jcvi.formats.base join grape.peach.i1.blocks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks
head -50 grape.blocks > blocks2

#配置blocks2.layout

# x,   y, rotation,     ha,     va, color, ratio,            label
0.5, 0.6,        0, center,    top,      ,     1,       grape Chr1
0.3, 0.4,        0, center, bottom,      ,    .5, peach scaffold_1
0.7, 0.4,        0, center, bottom,      ,    .5, cacao scaffold_2
# edges
e, 0, 1
e, 0, 2

#combie *.bed

cat grape.bed peach.bed cacao.bed > grape_peach_cacao.bed

二、作图

#确认blocks2、grape_peach_cacao.bed以及blocks2.layout文件正确无误后，一键绘图

python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout --notex

三、结果

#grape作为reference，查询peach以及cacao的local synteny分析（gene-level）

四、补充

#调整参数作出不同风格的图

python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout --shadestyle=line --glyphcolor=orthogroup --notex

#结果展示