摘要：
agp2assembly是juicebox_scripts之一。 功能：将agp文件转换为assembly文件。 官网：https://github.com/phasegenomics/juicebox_scripts 一、安装 cd ~/biosoft git clone https://gith 阅读全文
posted @ 2022-10-11 14:20
pd_liu
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官网：https://github.com/malonge/RagTag 一、简介 RagTag is a collection of software tools for scaffolding and improving modern genome assemblies. Tasks inclu 阅读全文
posted @ 2022-10-11 14:13
pd_liu
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摘要：
官网：https://github.com/aidenlab/3d-dna 一、安装 3ddna和juicer共用同一个依赖环境，denpendency安装参见Juicer安装及使用 cd ~/biosoft git clone https://github.com/theaidenlab/3d-d 阅读全文
posted @ 2022-10-11 14:00
pd_liu
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摘要：
bam2fastx，功能如其名，用于将Pacbio的bam文件转换为fastq/fasta格式。 官网：https://github.com/PacificBiosciences/bam2fastx 一、安装 conda create -n bam2fastx conda activate bam2 阅读全文
posted @ 2022-10-11 13:49
pd_liu
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参考自官网 https://github.com/aidenlab/juicer/wiki https://github.com/aidenlab/juicer 一、安装 #创建单独环境，安装依赖包。另外对java版本以及gawk版本有要求，一般服务器上都有（具体要求见官网）。 conda crea 阅读全文
posted @ 2022-10-11 13:43
pd_liu
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