Ragtag安装及使用

官网：https://github.com/malonge/RagTag

 

一、简介

RagTag is a collection of software tools for scaffolding and improving modern genome assemblies. Tasks include:

Homology-based misassembly correction

Homology-based assembly scaffolding and patching

Scaffold merging

二、安装

conda create -n ragtag
conda activate ragtag
conda install -c bioconda ragtag

三、使用

ragtag的功能分为四块：错配校正、scaffolding、补洞以及scaffold合并。先前用过patch功能实现补洞，并不好用。这里以使用ragtag.py scaffold功能为例。scaffold主要是对contig完成定向以及排序，确认contig的先后关系以及方向。这是ragtag最为重要的功能之一。

ragtag.py scaffold <reference.fa> <query.fa>

PS: 前面说了，ragtag是基于同源的assembly scaffolding工具。因此，在对我们初步组装的contigs集合进行定向排序之前，我们需要找一个同源基因组作为参考，选取的基因组需要认可度好，质量高。