摘要：
官网：miniasm 类似于flye的轻量级组装软件，使用和flye一样极其简单。 基于OLC的超快速从头拼接软件，适用于noisy长reads。但不纠错，并没有构建一致性序列的步骤，也就是说组装前后的单碱基错误率没有变化。 据官网描述，105m的基因组大小，只使用40x的数据集组装，16个线程10 阅读全文
posted @ 2022-09-26 22:09
pd_liu
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摘要：
官网：Winnowmap 无意间在一篇Human T2T的文章的补洞过程中发现的一款比对软件，据说准确度优于minimap2，特别是着丝粒区域。 之前用minimap2 -cx asm5模式比对两个亚基因组，最后用dotPlotly可视化后发现染色体上普遍存在一些集中区域比对效果并不好，可能是着丝粒 阅读全文
posted @ 2022-09-26 21:40
pd_liu
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摘要：
官网地址：flye Flye works directly with base-called raw reads and does not require any prior error correction or trimming. Flye automatically detects chime 阅读全文
posted @ 2022-09-26 21:06
pd_liu
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摘要：
本文尝试使用ragtag补洞。该软件一般用于基因组校正错配、scaffolding、patch以及序列合并。官网地址：https://github.com/malonge/RagTag/wiki/patch 一、安装 conda install -c bioconda ragtag 二、使用 #ma 阅读全文
posted @ 2022-09-26 18:22
pd_liu
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