miniasm安装及使用

官网：miniasm

类似于flye的轻量级组装软件，使用和flye一样极其简单。

基于OLC的超快速从头拼接软件，适用于noisy长reads。但不纠错，并没有构建一致性序列的步骤，也就是说组装前后的单碱基错误率没有变化。

据官网描述，105m的基因组大小，只使用40x的数据集组装，16个线程10分钟跑完。

最早是测试细菌的ont以及pacbio数据组装，近两年也有不少用于植物的基因组组装案例。

一、安装

minimap2已经安装可以跳过，配置环境变量略。

git clone https://github.com/lh3/minimap2 && (cd minimap2 && make)
git clone https://github.com/lh3/miniasm  && (cd miniasm  && make)

二、使用

#构建重叠(使用minima2自比对)

minimap2 -x ava-ont -t8 ont-reads.fq ont-reads.fq | gzip -1 > reads.paf.gz

#构建Layout

miniasm -f reads.fq reads.paf.gz > reads.gfa

#Gfa格式转fasta（需下载gfatools）

gfatools gfa2fa reads.gfa