摘要：
fastqc是高通量序列（fa/fq）质量控制（QC）分析工具。它可以快速地对测序数据进行质量评估，得到多个测序数据的质量参数，让我们对测序数据质量有个初步的认识，从而判断后续的质控如何进行。 使用fastqc做质控 使用fastqc批处理 FastQC官网 一、安装 conda install - 阅读全文
摘要：
Nanopore测序下机原始数据为fast5格式（纳米孔原始的电信号文件），测序公司那边只进行了初步的质控，也就是生成了pass_fast5文件夹，其下包含上百条.fast5格式的数据。对于后续的数据分析非常的不方便。现需要将所有.fast5文件合并，并从合并后的fast5文件提取fasta序列。 阅读全文
摘要：
fastp是一款快速处理NGS下机序列的工具，官网地址fastp 一、安装 conda install -c bioconda fastp 二、使用 #过滤接头以及低质量碱基相关参数默认开启 #输入双端序列文件支持SE/PE，可以是.fq/.fq.gz格式,fastp最多可用16个线程 #输出会同时 阅读全文