JCVI作图进阶系列（四）

Let's plot the arabidopsis genome.

可用于集中展示着丝粒以及端粒区域重复单元丰度。

参考自官网Miscellaneous-plotting

一、数据准备

#make chromosome size

vim athaliana.sizes
*********************
Chr1    30427671
Chr2    19698289
Chr3    23459830
Chr4    18585056
Chr5    26975502
*********************

#add a number of interesting features

vim features.bed
*********************
Chr1    1000000    3000000    type A
Chr4    12000000    15000000    type A
Chr2    5000000    10000000    type B
Chr5    20000000    22000000    type B
Chr2    15000000    18000000    LINE/SINE
Chr5    13000000    15000000    LINE/SINE
Chr3    2000000    3500000    LTR
Chr1    14511721    14538721    centromere
Chr2    3611838    3611883    centromere
Chr3    13589756    13589816    centromere
Chr4    3133663    3133674    centromere
Chr5    11194537    11194848    centromere
*********************

#change labels and colors

vim athaliana.idmap
*********************
LINE/SINE    LS    #377EB8
LTR    LT    #4DAF4A
type A    TA    #984EA3
type B    TB    #FF7F00
*********************

二、一键绘图

python -m jcvi.graphics.chromosome features.bed athaliana.idmap \
    --size=athaliana.sizes --title="Arabidopsis genome features" --gauge --notex

三、结果展示

字体等其他设置可以导入AI再优化调整

posted @ 2022-10-15 15:19  pd_liu  阅读(260)  评论(0)    收藏  举报