Quickmerge安装及使用

Quickmerge可以用于合并两个不同软件组装产生的Assemblies，以获取更可靠的组装结果。quickmerge

一、安装

git clone https://github.com/mahulchak/quickmerge.git
cd quickmerge
bash make_merger.sh

二、使用

#一步运行

merge_wrapper.py flye_assembly.fasta necat_assembly.fasta

#手动分步运行

#调用nucmer比对两个assemblies，使得quickmerge可以寻找到正确的剪切位点
nucmer -l 100 -prefix out  flye_assembly.fasta necat_assembly.fasta
#过滤，比对文件去重以及控制长度
delta-filter -r -q -l 10000 out.delta > out.rq.delta
#合并两个assemblies，-q作为查询，-r作为参考，-c 7.0主要是为了提高合并区域的严格性避免组装嵌合或者过度组装（对于hifi组装的合并使用-c 1.5默认参数即可），其余默认参数使用即可
quickmerge -d out.rq.delta -q necat_assembly.fasta -r flye_assembly.fasta -hco 5.0 -c 7.0 -l n -ml m -p prefix

#需要注意的一些问题

1、输入的两个assemblies的fasta序列名必须unique
2、ONT组装的合并前建议先用medaka做polish，合并之后可以用hifi也做一下polish，hifi组装的合并可以不做polish
3、合并后可以使用nucmer做一下比对，并用mummerplot做散点图可视化验证合并效果
4、另外对与hifi的数据，可以使用hifiasm+canu或者其他方式组装，再使用quickmerge合并，最后再合并hifi以ont的合并集得到最终的组装集合

 

 

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参考文献：

doi: 10.1111/tpj.15690