摘要: 现有的zotero插件中,找到可以支持更新影响因子青柠学术的Zotero IF,但它的代码没有公开,需要关注微信公众号才能获取免费版,免费版的影响因子更新也不是很及时;它的Pro版本功能更多,但需要收费,建议有需求的小伙伴去下载,创作不易,支持好用的原创工具。 Zotero本身为开发者提供了Java 阅读全文
posted @ 2022-06-29 19:29 LiuLyle 阅读(299) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 海量的高通量测序数据为微卫星(SSR)标记开发提供了便利条件,MISA等一大批SSR引物开发软件被开发出来,但这些软件要么不能筛选有多态性的位点,要么仅限于linux平台,要么依赖的其他软件比较多,总而言之,是对菜鸟新手不友好。 幸运的是,我找到了四川农业大学刘亚西教授等去年发布的SSRMMD软件, 阅读全文
posted @ 2021-08-15 15:14 LiuLyle 阅读(354) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 功能性状的谱系保守性分析是架起进化历程与生态过程的重要桥梁,是很多高阶分析的基础。谱系保守性是很多基于谱系的预测模型的基本前提,比如生态位模型、达尔文归化假说、预适应假说。去除谱系保守性的影响,是跨物种进行性状相关性分析的前提(侧重于适应性的协同进化分析,而非系统发育分析)。 本次分享于2021年4 阅读全文
posted @ 2021-04-01 09:57 LiuLyle 阅读(1381) 评论(7) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、一些基础概念及方法 [1] Vellend M. Conceptual synthesis in community ecology. Q Rev Biol. 2010 Jun;85(2):183-206. doi: 10.1086/652373. PMID: 20565040. 群落生态学的概 阅读全文
posted @ 2021-02-27 11:28 LiuLyle 阅读(420) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 备注: 为简化,谱系分化未考虑基因流,也未考虑突变等变异的产生 阅读全文
posted @ 2021-02-22 14:37 LiuLyle 阅读(171) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要: 专题一:黄河三角洲土壤微生物群落 1、生态修复(淡水输入)对微生物的影响 Zhao, Q., Zhao, H., Gao, Y., Zheng, L., Wang, J., & Bai, J. (2020). Alterations of bacterial and archaeal communi 阅读全文
posted @ 2020-08-02 12:18 LiuLyle 阅读(216) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: calHe <- function(fre, filename = "hets.txt"){ pops = row.names(fre) loci = unique(as.matrix(as.data.frame(strsplit(names(fre), split = ".", fixed = T 阅读全文
posted @ 2020-03-11 23:13 LiuLyle 阅读(332) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 数据结构一、数据管理vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量list:列表 data.frame:数据框 c:连接为向量或列表length:求长度subset:求子集 seq,from:to,sequence:等差序列 rep:重复 阅读全文
posted @ 2019-12-19 15:05 LiuLyle 阅读(623) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Resources for Ecology and Evolution Updated by Lele Liu on 2019-12-10 Data GBIF | Global Biodiversity Information Facility Geospatial Data Cloud (Chin 阅读全文
posted @ 2019-12-10 11:19 LiuLyle 阅读(164) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 国家自然基金委网站提供基金项目资助的项目检索功能,但需要提交字段较多,且有验证码,不太适合网页抓取。 Medsci和LetPub两个科研服务网站提供了免费的查询功能,也有更高级收费分析服务,无钱只能白嫖的我更倾心LetPub,LetPub可选择多个字段,也无需登陆,get方式传递参数。(2020年7 阅读全文
posted @ 2019-12-06 14:14 LiuLyle 阅读(419) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: v1.0 阅读全文
posted @ 2019-09-14 10:15 LiuLyle 阅读(1172) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 往期回顾: Plant Ecology Journal Club, 分享主题和文献列表 8-25, 2019年春 Plant Ecology Journal Club 分享主题和文献列表, 1-7, 2018年秋 第二十六期PEJC,2019年9月6日,N2-146 SDU, Plant Ecolo 阅读全文
posted @ 2019-09-06 09:43 LiuLyle 阅读(180) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 为揭示研究对象对环境因子的响应,特别是对多个存在互作的环境因子的非线性响应,我们通常要设计存在一定重复或者梯度的生态学实验。而在设计实验时,要不要设置重复,怎样设置重复,是我们首先要面对和解决的问题,也是大家非常关心的问题。2018年Juergen Kreyling在Ecology Letters上通过模型模拟和实验检验提出了“牺牲重复来增加因子水平可以达到更好的预测效果”的观点;2019年David Chalcraft发文评论认为前文对模型预测能力评价上存在的问题导致了对重复的重要性揭示不足。 阅读全文
posted @ 2019-08-28 20:14 LiuLyle 阅读(618) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 物种适应性分化的调查通常依赖于对表型变异和DNA序列多态性的量化和评估,种群间频繁的基因流会使大部分中性和受环境弱选择的基因区域在物种内高度同质化,这使检测其中的适应性分化变得非常困难。近年来,DNA甲基化为代表的表观遗传变异在生态与进化之间的桥梁作用逐渐被我们认识,表观遗传变异或许能为揭示遗传同质化物种内部的种群结构提供有力手段,这一想法在加拿大猞猁的群体遗传研究中付诸了实践,相关研究在2019年7月以“Genome-scale sampling suggests cryptic epigenetic structuring and insular divergence in Canada lynx”(基因组水平的位点抽样检测揭示加拿大猞猁的隐性表观遗传结构和岛屿种群分化)为题发表在分子生态学旗舰期刊Molecular Ecology上。 阅读全文
posted @ 2019-08-28 20:08 LiuLyle 阅读(394) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 最新一期(2019年8月,第22卷第8期)的封面文章刊发了来自美国地质勘探局柯林斯堡科学中心和伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的题为“Non-native plants have greater impacts because of differing per-capita effects and nonlinear abundance–impact curves”(差异化的个体平均效力和非线性的丰度-影响曲线导致非本地植物拥有更大的影响)的最新研究,研究通过对美国伊利诺斯州南部湿地样地的长期观测,利用多年多地点的纵向数据,表明非本地种相比本地种往往能达到更高的丰度,具有更大的个体平均效力(per-capita effect),其中非本地种丰度-物种多度的非线性关系也导致非本地种相比本地种丰度增多时对生物群落具有更大的影响,研究也支持非本地种在当地的生态进化上的新特性是其影响外部群落的重要驱动力。 阅读全文
posted @ 2019-08-28 20:02 LiuLyle 阅读(294) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ## Gives count, mean, standard deviation, standard error of the mean, and confidence interval (default 95%). ## data: a data frame. ## measurevar: the 阅读全文
posted @ 2019-07-02 16:30 LiuLyle 阅读(2765) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用perl自带函数rename可以重命名文件名称,具体用法,rename $old_name, $new_name。 例如,要把文件名中“7--1_F03_2018-12-28.fsa”中的前缀“7--”去除。 再如调换A01_1.fsa名字中的下划线前后的顺序,简化版为: 关于perl的文件系统 阅读全文
posted @ 2019-03-28 19:15 LiuLyle 阅读(923) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 分别利用颜色(colour)和形状(shape i.e. pch)进行分组很多属性需要单独设置。 用到的对象有 数据映射(Aes,Data aesthetic mappings) 几何属性(Geom,Geometric objects) 统计转换(Stat,Statistical transform 阅读全文
posted @ 2019-02-03 12:13 LiuLyle 阅读(4638) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 很多仪器导出的数据格式可能不是包含着奇奇怪怪的编码,这给写正则脚本带来了很大困难 binmode IN, ':encoding(UTF-8)' 这个命令进行处理编码,保证输入和输出的正确。 此外,因为需要遍历两层目录下的所有文件,发现了glob这个强大的命令。 阅读全文
posted @ 2019-01-21 15:12 LiuLyle 阅读(402) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: PAM 2500导出的数据是以分号为分隔符的纯文本,且一次测量单独保存在文件里,默认以日期加括号里的序号为文件名,我们只需要其中的Fo、Fm和最后一次的数据。 原始数据如下: 我们需要以提取第3行和第15行的数据整合成一个新的文件,我们把所有需要整合的文件放在同一文件夹下,运行脚本如下: 手动加入表 阅读全文
posted @ 2018-12-30 19:48 LiuLyle 阅读(674) 评论(0) 推荐(0) 编辑