小鲨鱼2018

2024年10月26日

利用samtools flagstat 对bam文件统计比对率的时候看的是哪个mapping rate

摘要： 001、在samtools flagstat 对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果： 002、比对率结果应该以哪个为准？答案是：以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是shee 阅读全文

posted @ 2024-10-26 18:13 小鲨鱼2018 阅读(332) 评论(0) 推荐(0)

samtools flagstat参数对比对的bam文件进行统计解读

摘要： 001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt ## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件： 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ ca 阅读全文

posted @ 2024-10-26 17:17 小鲨鱼2018 阅读(405) 评论(0) 推荐(1)

Linux 中awk语句匹配首个数字与匹配首个连续的数字的区别

摘要： 001、 [root@localhost test]# cat b.txt ## 测试数据 0001 20081223efs333kjfdj EREADFASDLKJCV 0002 20081208djfks2288daa JDKFJALSDJFsddf 0003 20081208efskjfdj 阅读全文

posted @ 2024-10-26 15:17 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0)

2024年10月24日

Linux 中 awk命令整列的替换

摘要： 001、测试数据 [root@localhost test2]# ls a.txt [root@localhost test2]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 阅读全文

posted @ 2024-10-24 14:55 小鲨鱼2018 阅读(155) 评论(0) 推荐(0)

2024年10月23日

Linux 中 awk指令 sub和substr的区别

摘要： 001、sub的用法 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02aa 03aa 04 05 06aa 07kk 08 09 10kk 11aa 12 13 14jj 15tt 16 17 阅读全文

posted @ 2024-10-23 15:06 小鲨鱼2018 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)

2024年10月19日

Mann–Whitney U test R语言检验

摘要： 001、 set.seed(123) group_A <- rnorm(30, mean = 5, sd = 1) # 药物A的效果 group_B <- rnorm(30, mean = 6, sd = 1) # 药物B的效果 u_test_result <- wilcox.test(group_ 阅读全文

posted @ 2024-10-19 00:56 小鲨鱼2018 阅读(418) 评论(0) 推荐(0)

2024年10月15日

Linux 中awk命令指定列匹配字母

摘要： 001、 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt 11 33 44 ab 88 33 ce 44 87 33 44 qq3 ww 77 88 [root@localhost test]# awk '$1 ~ / 阅读全文

posted @ 2024-10-15 15:41 小鲨鱼2018 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)

2024年10月4日

C语言中对象式宏

摘要： 001、不使用对象式宏 [root@localhost test]# ls test.c [root@localhost test]# cat test.c ## 测试程序 #include <stdio.h> int main(void) { int i, sum = 0; int v[5] = 阅读全文

posted @ 2024-10-04 11:59 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

R语言中gene symbol 转换为ENTREZID, clusterprofile富集分析

摘要： 001、 genes <- read.table("genes.txt") ## 读取基因symbol head(genes) tail(genes) genes <- genes[genes != "NA_NA" & genes != "unknow",, drop = FALSE] ## 去除无阅读全文

posted @ 2024-10-04 11:51 小鲨鱼2018 阅读(293) 评论(0) 推荐(0)

2024年10月1日

python中列表和字符串的相互转换

摘要： 001、列表转换为字符串 >>> list1 ['xxx', 'yyy', 'zzz'] >>> "".join(list1) ## 使用字符串内置函数join + 可迭代对象 'xxxyyyzzz' >>> "_".join(list1) 'xxx_yyy_zzz' 002、字符串转换为列表 >> 阅读全文

posted @ 2024-10-01 15:40 小鲨鱼2018 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

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