摘要：
1、加减（矩阵加减只能在同维度矩阵之间进行，即行列数相同） a1 <- c(2, 3, 5, 1, 7, 4, 8, 4, 2) a2 <- c(3, 1, 3, 1, 4, 8, 4, 3, 4) m1 <- matrix(a1, nrow = 3, byrow = T) m2 <- matrix 阅读全文
posted @ 2021-10-31 21:08
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1、协方差 协方差：两个向量每一项与各自平均数只差 的对应项乘积之和的平均数。 方差：每一项与平均数只差 的平方的平均数。 标准差： 方差开平方 皮尔逊相关系数：两个向量的协方差 除以 两个向量的标准差的乘积。 a <- c(1, 3, 7, 8) b <- c(12, 15, 16, 18) su 阅读全文
posted @ 2021-10-31 19:28
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1、R脚本 dir() dat <- read.table("outcome.ped") dat id <- dat[,2] dat <- dat[, -(1:6)] result <- data.frame() for (i in 1:nrow(dat)) { count = 0 for (j i 阅读全文
posted @ 2021-10-31 18:16
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1、shell脚本 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash ## step1 for i in $(seq `sed -n "$=" $1`); do sed -n "$i"p $1 | cut -d " " -f 7- | grep -o "0" 阅读全文
posted @ 2021-10-31 18:00
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1、plink脚本 plink --file outcome --pca 3 header tabs --sheep --out pcatest > /dev/null; rm *.log *.nosex 2、R绘图 dir() dat <- read.table("pcatest.eigenvec 阅读全文
posted @ 2021-10-31 17:00
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1、R实现 dir() dat <- read.table("outcome.ped") dim(dat) dat <- dat[,-(1:6)] loci <- data.frame(v1 = rep(1, 2 * nrow(dat))) for (i in 1:(ncol(dat)/2)) { 阅读全文
posted @ 2021-10-31 14:50
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1、脚本 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash #step1 check ped file uniqn=$(sed 's/\r//g' $1 | cut -d " " -f 7- | sed 's/ /\n/g' | sort -u | wc - 阅读全文
posted @ 2021-10-31 12:57
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1、脚本只有10行，报第11行错误？？ [root@centos79 test]# bash test.sh test.sh: line 11: syntax error: unexpected end of file [root@centos79 test]# cat -n test.sh 1 # 阅读全文
posted @ 2021-10-31 12:20
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