小鲨鱼2018

2022年8月15日

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fasta", "r") dict1 = {} for 阅读全文

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python 中输出fasta文件的反向序列

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #1/usr/bin/python in_file = open("a.fasta", "r") dict1 = dict() 阅读全文

posted @ 2022-08-15 17:46 小鲨鱼2018 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)

python中输出fasta文件中碱基的互补序列

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fasta", "r") dict1 = {} for i in in_file: i = i.strip() if i.startsw 阅读全文

posted @ 2022-08-15 17:27 小鲨鱼2018 阅读(129) 评论(0) 推荐(0)

python 中统计fastq文件中 GC含量

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTG 阅读全文

posted @ 2022-08-15 16:51 小鲨鱼2018 阅读(151) 评论(0) 推荐(0)

python中删除字符串中的指定字符

摘要： 001、 split + join实现 >>> str1 = 'abcdedfg' >>> str1 'abcdedfg' >>> str1.split('d') ## 拆分为列表 ['abc', 'e', 'fg'] >>> "".join(str1.split('d')) ## 组合成字符串 ' 阅读全文

posted @ 2022-08-15 16:44 小鲨鱼2018 阅读(827) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现将fastq文件转换为fasta文件

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTG 阅读全文

posted @ 2022-08-15 16:28 小鲨鱼2018 阅读(454) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现统计fastq碱基序列的长度

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTG 阅读全文

posted @ 2022-08-15 16:03 小鲨鱼2018 阅读(225) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现切除fastq文件序列的前后若干碱基

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fastq", "r") out_file = open 阅读全文

posted @ 2022-08-15 15:53 小鲨鱼2018 阅读(165) 评论(0) 推荐(0)

python 中向集合中添加、删除元素

摘要： 001、 >>> set1 = {"a", "b", "c", "d"} ## 测试集合 >>> set1 {'c', 'a', 'd', 'b'} >>> set1.remove("d") ## 删除集合中的元素 >>> set1 {'c', 'a', 'b'} >>> set1.add(&qu 阅读全文

posted @ 2022-08-15 14:49 小鲨鱼2018 阅读(86) 评论(0) 推荐(0)

python 中字典内置函数get()

摘要： 001、 >>> dict1 = {"a":100, "b":200, "c":300, "d":400, "e":500} ## 测试字典 >>> dict1 {'a': 100, 'b': 200, 'c': 300, 'd': 400, 'e': 500} >>> dict1.get("b") 阅读全文

posted @ 2022-08-15 14:37 小鲨鱼2018 阅读(155) 评论(0) 推荐(0)

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