小鲨鱼2018

2023年6月8日

摘要： 001、 [root@PC1 test04]# ls a.txt [root@PC1 test04]# cat a.txt ## 测试数据 3333 gene 9999 kkkk gene 7777 8888 gene 0000 6666 [root@PC1 test04]# awk '$1 == 阅读全文

posted @ 2023-06-08 18:10 小鲨鱼2018 阅读(152) 评论(0) 推荐(0)

linux 中awk命令实现从gff文件中排除pseudogene信息

摘要： 001、 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.gff [b20223040323@admin2 test]$ cat a.gff region 1 pseudogene 2 transcript 3 exon 4 pseudogene 5 transcript 6 ex 阅读全文

posted @ 2023-06-08 00:33 小鲨鱼2018 阅读(55) 评论(0) 推荐(0)

2023年6月7日

python 中统计指定字符串出现的次数

摘要： 001、 >>> str1 = "abcdaaab" ## 测试字符串 >>> str1.count("a") ## 统计a出现的次数 4 >>> str1.count("b") 2 >>> str1.count("c") 1 >>> str1.count("a", 0, 4) ## 可以指定统计字阅读全文

posted @ 2023-06-07 23:19 小鲨鱼2018 阅读(125) 评论(0) 推荐(0)

python 中字符串大小写的转换

摘要： 001、全部转换为大写、或者全部转换为小写 >>> str1 = "abcDEFgh" >>> str1.lower() ### 小写 'abcdefgh' >>> str1.upper() ## 大写 'ABCDEFGH' >>> str1 'abcDEFgh' >>> str1.casefold 阅读全文

posted @ 2023-06-07 22:34 小鲨鱼2018 阅读(297) 评论(0) 推荐(0)

使用conda 安装指定版本R及snpStats 包

摘要： conda create -n py27 python=2.7 conda activate py27 conda install -c conda-forge r-base=4.3.0 R if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.p 阅读全文

posted @ 2023-06-07 21:28 小鲨鱼2018 阅读(563) 评论(0) 推荐(0)

python 中列表切片单个冒号和两个冒号的区别

摘要： 001、 >>> list1 = ["aa", "bb", "cc", "dd", "ee", "ff", "gg"] ## 测试列表 >>> list1 ['aa', 'bb', 'cc', 'dd', 'ee', 'ff', 'gg'] >>> list1[2:] ## 从2开始，一直到最阅读全文

posted @ 2023-06-07 16:25 小鲨鱼2018 阅读(216) 评论(0) 推荐(0)

2023年6月6日

python中实现提取碱基序列的互补序列

摘要： 001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa test.py [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试fasta文件 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat test.py ## python程序 #!/usr/bin/env py 阅读全文

posted @ 2023-06-06 23:54 小鲨鱼2018 阅读(104) 评论(0) 推荐(0)

linux中实现提取碱基序列的互补序列

摘要： 001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试序列 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat a.fa | tr "ATCG" "TAGC" ## 提取碱基序列的互补序列 TAGCTACG 阅读全文

posted @ 2023-06-06 23:45 小鲨鱼2018 阅读(40) 评论(0) 推荐(0)

python中同时指定多个分隔符将字符串拆分为列表

摘要： 001、 >>> str1 = "ab_cd ef_gh ij_kl" ## 测试字符串 >>> str1.split(" ") ## 一句空格进行拆分 ['ab_cd', 'ef_gh', 'ij_kl'] >>> import re >>> re.split("[_| ]",str1) ## 同阅读全文

posted @ 2023-06-06 11:37 小鲨鱼2018 阅读(89) 评论(0) 推荐(0)

python启动状态下查看版本

摘要： 001、 >>> import sys >>> print(sys.version) 2.7.5 (default, Jun 28 2022, 15:30:04) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] 阅读全文

posted @ 2023-06-06 11:32 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)

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