摘要：
建库过程PCA扩增过程中引入重复序列，会对变异检测结果产生影响，重复的DNA片段会比对到参考基因组的相同位置，根据这一特点来进行去重复。 001、gatk（picard标记重复） gatk MarkDuplicates -I sample01.sorted.bam -O sample01.sorte 阅读全文
posted @ 2023-09-22 22:58
小鲨鱼2018
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001、 01、bwa index x.fa： 对参考基因组构建索引，这其实是在为参考序列进行Burrows Wheeler变换（wiki: 块排序压缩），以便能够在序列比对的时候进行快速的搜索和定位。 02、samtools sort： 因为测序的reads是无序的，比对生成的sam/bam文件也 阅读全文
posted @ 2023-09-22 21:58
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001、 。 阅读全文
posted @ 2023-09-22 21:35
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001、 测序时，DNA片段被打断，但是打断的片段仍然很长。 二代测序的读长短，为了更多的获取同一个DNA片段上的信息，因此出现了从两端测序，尽可能多的捕获这个DNA片段的信息。 002、尽管两个read的长度之和为200bp，仍然无法将DNA片段测通，但是另外DNA片段起始点可能位于如下的DNA片 阅读全文
posted @ 2023-09-22 20:22
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001、 bwa mem -t 4 -k 32 -M -R "@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name" reference.fna sm.clean.1.fastq.gz sm.clean.2.fastq.gz | samtools 阅读全文
posted @ 2023-09-22 19:44
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先安装git，官网：https://git-scm.com/ 001、打开git，生成本地密钥文件 ssh-keygen ## 然后全部回车 002、查看密钥文件，id_rsa.pub C:\Users\ljx\.ssh 003、上传至服务器，并追加至authorized_keys文件（是追加） ( 阅读全文
posted @ 2023-09-22 10:28
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001、 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# find -not -path "./test01/*" -name "*.txt" ./test02/mm.txt ./test02/dirxx/di 阅读全文
posted @ 2023-09-22 09:27
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001、 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# tree . ├── test01 │ ├── cc.csv │ └── kk.txt ├── test02 │ ├── dirxx │ │ └── d 阅读全文
posted @ 2023-09-22 09:04
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001、-maxdepth 1 [root@pc1 dir001]# ls test01 test02 ww.txt xx.map [root@pc1 dir001]# find ./ -name "*.txt" ## 直接查找 ./test01/kk.txt ./test02/mm.txt ./t 阅读全文
posted @ 2023-09-22 09:00
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001、不限制 [root@pc1 dir001]# ls ## 测试目录文件 test01 test02 test03 [root@pc1 dir001]# tree . ├── test01 │ ├── cc.csv │ └── kk.txt ├── test02 │ ├── mm.txt │ 阅读全文
posted @ 2023-09-22 08:53
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