linux 中awk命令将染色体截断为不同的片段

 

linux 中awk命令将染色体截断为不同的片段

 

001、

[root@PC1 test01]# ls
a.txt
[root@PC1 test01]# cat a.txt
NC_056055.1     250202058       chromosome2
[root@PC1 test01]# awk 'BEGIN{len=250202058;step=10000000; for(i=1; i<=len;i+=step){end=i+step-1; if(end > len){end=len}; print "chr\t"i"\t"end}}' | head -n 3
chr     1       10000000
chr     10000001        20000000
chr     20000001        30000000
[root@PC1 test01]# awk 'BEGIN{len=250202058;step=10000000; for(i=1; i<=len;i+=step){end=i+step-1; if(end > len){end=len}; print "chr\t"i"\t"end}}' | tail -n 3
chr     230000001       240000000
chr     240000001       250000000
chr     250000001       250202058

。