linux 中 awk命令实现将fasta文件中每个scaffold中的所有碱基转换为一行

 

001、

[b20223040323@admin1 test]$ ls
test.fa
[b20223040323@admin1 test]$ cat test.fa     ## 测试数据
>chr1
aabbccdd
eeff
>chr2
xxyyzzqq
gg
>chr3
ddjjiill
ssff                                        ## 转换程序
[b20223040323@admin1 test]$ awk '{if(NR == 1) {print $0} else if($0 ~ />/) {printf("\n"); print $0} else {printf("%s", $0)}} END {printf("\n")}' test.fa
>chr1
aabbccddeeff
>chr2
xxyyzzqqgg
>chr3
ddjjiillssff