linux shell - 随笔分类(第2页) - 小鲨鱼2018

gzip 压缩fastq文件和pigz命令压缩fastq速度对比

摘要：001、测试文件 (base) [b20223040323@admin2 test]$ du -ch *.fastq3.4G SRR33287865_1.fastq 002、gzip gzip -c SRR33287865_1.fastq Elapsed time: 238 003、pigz pi 阅读全文

posted @ 2025-12-01 10:11 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk NF去除空行

摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 aaaaaa bbbbbb cccccc dddddd [root@PC1 test]# cat -A a.txt ## 包含多种形式的空行 aaaaaa$ bbbbb 阅读全文

posted @ 2025-11-26 16:03 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中判断是否存在连续的空行

摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test]# cat a.txt aaaaaa bbbbbb cccccc dddddd eeeeee ffffff gggggg [root@PC1 test]# awk 'NF==0{if(prev== 阅读全文

posted @ 2025-11-26 15:58 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中grep命令在文本中匹配单个的字母

摘要：001、 grep命令匹配单个的字母 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 >chr1 xxx CATCTCCCTTAGTGTTGTCCTGAATTGCTNCTACCAGTCTGCTCTGTGTCTTTCAGGGGG 阅读全文

posted @ 2025-11-24 23:59 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 awk命令提取文本最后连续的几列

摘要：001、方法1 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 阅读全文

posted @ 2025-11-22 10:12 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中截取文本的最后几个字符

摘要：001、 awk 实现 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@PC1 test2]# awk ' 阅读全文

posted @ 2025-11-22 09:57 小鲨鱼2018 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)

linux shell中数值变量的递增

摘要：001、使用let [root@PC1 test2]# ls [root@PC1 test2]# a=10 [root@PC1 test2]# echo $a 10 [root@PC1 test2]# let a=$a+5 ## 使用let对数值变量进行修改 [root@PC1 test2]# ec 阅读全文

posted @ 2025-11-21 09:45 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

linux 中awk脚本实现文本转置

摘要：001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 阅读全文

posted @ 2025-11-13 23:50 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令如何从文本中提取偶数列和奇数列

摘要：001、提取偶数列 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 2 阅读全文

posted @ 2025-11-13 23:08 小鲨鱼2018 阅读(7) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 awk脚本输出文本的最后几列和前几列

摘要：001、输出文本的最后几列 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 阅读全文

posted @ 2025-11-13 19:13 小鲨鱼2018 阅读(7) 评论(0) 推荐(0)

Linux中查看个人磁盘容量

摘要：001、 lfs quota -u s20223040682 /public/home/s20223040682 阅读全文

posted @ 2025-11-08 18:12 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中basename命令仅保留路径下的文件名或者剔除文件名的后缀

摘要：001、 [root@pc1 test]# basename /home/test/test/SRR21713860_1.fastq.gz ## 保留路径下的文件名 SRR21713860_1.fastq.gz [root@pc1 test]# basename /home/test/test/SR 阅读全文

posted @ 2025-10-27 22:56 小鲨鱼2018 阅读(5) 评论(0) 推荐(0)

linux 中sed命令 d与g选项的区别

摘要：001、 (base) [b20223040323@admin2 x_downloadagain]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin2 x_downloadagain]$ cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 阅读全文

posted @ 2025-10-22 09:43 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中检测gz压缩文件是否损坏

摘要：Linux 中检测gz压缩文件是否损坏。 001、 [s20233040742@admin2 x_test]$ ls a.sh b.sh [s20233040742@admin2 x_test]$ seq 10 | gzip > a.txt.gz [s20233040742@admin2 x_tes 阅读全文

posted @ 2025-10-17 11:17 小鲨鱼2018 阅读(17) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令根据reads ID 从fastq格式中提取数据

摘要：001、 (base) [b20223040323@admin2 test]$ ls read.list SRR1770413_1.fastq.gz SRR1770413_2.fastq.gz (base) [b20223040323@admin2 test]$ head read.list ## 阅读全文

posted @ 2025-10-13 22:41 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

linux 中paste命令实现按照指定列数输出文件

摘要：001、 [root@localhost test]# seq -w 12 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 [root@localhost test]# seq -w 12 | paste -d " " - - ## 指定列数输出 01 02 03 04 05 阅读全文

posted @ 2025-10-08 10:24 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中gz文件解压并保留源文件的方法

摘要：001、 [root@PC1 test]# ls ## 测试压缩文件 a.txt.gz [root@PC1 test]# gunzip -k a.txt.gz ## gzip版本需要高于1.5 [root@PC1 test]# ls a.txt a.txt.gz . 002、 [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2025-10-04 15:15 小鲨鱼2018 阅读(41) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令如何统计每行指定字符出现的次数

摘要：001、 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 0aa1 0AA2 03 04 05 06 07 08 09 10 1a1 12 [root@localhost test]# awk '{a 阅读全文

posted @ 2025-10-01 21:00 小鲨鱼2018 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)

Linux中 sed命令忽略大小写匹配

摘要：001、 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 22 abc44 88 32 ABC11 43 14 aBc44 86 [root@localhost test]# sed -n '/abc/ 阅读全文

posted @ 2025-09-18 21:11 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 sed命令在通配符作为变量匹配时如何作为传统字符串

摘要：Linux 中 sed命令在通配符作为变量匹配时如何作为传统字符串 01、场景 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt KR24 43.5012 163133 aaak 34.3586 486550 KR.4 26.0377 2063 阅读全文

posted @ 2025-09-10 16:07 小鲨鱼2018 阅读(17) 评论(0) 推荐(0)

小鲨鱼2018

随笔分类 - linux shell

公告