TCGA数据挖掘 | 免疫细胞浸润分析
问题：
- 什么是免疫细胞浸润？
- 肿瘤组织里都有哪些细胞？有哪些免疫细胞？
- 免疫细胞浸润分析的基本原理？相关性
- bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理
- 免疫浸润评估常用的工具
什么是免疫浸润细胞？
肿瘤浸润淋巴细胞（英语：Tumor-infiltrating lymphocytes，缩写TILs）是指已离开血液向肿瘤组织迁移的淋巴细胞，是肿瘤浸润免疫细胞（英语：tumor-infiltrating immune cells）这个更大的概念的一部分，后者还包括单核细胞和分叶核的免疫细胞。肿瘤中浸润的免疫细胞与临床结果密切相关，可作为治疗癌症的药物靶标。
Tumor infiltrating lymphocytes (TILs) consist of all lymphocytic cell populations that have invaded the tumor tissue. TILs have been described in a number of solid tumors, including breast cancer, and are emerging as an important biomarker in predicting the efficacy and outcome of treatment.
肿瘤组织虽然大部分是由肿瘤细胞组成，但不是100%纯肿瘤，目前已知的有基质细胞、成纤维细胞、内皮细胞还有目前最受关注的免疫细胞构成了肿瘤生长的舒适环境，不同肿瘤其微环境组成也各有特点，而冷肿瘤热肿瘤的概念就是根据肿瘤微环境中免疫细胞的种类和状态来判断，如果是热肿瘤就能预测到免疫治疗的效果会更好，所以搞清楚浸润免疫细胞的种类和状态对于进展评估还是很重要的。
医学家们将从肿瘤组织中分离到的淋巴细胞称为“肿瘤浸润性淋巴细胞”（TIL细胞），并发现这种细胞在体外经白细胞介素2刺激后可大量增殖。这种刺激后增殖的TIL细胞又称之为“肿瘤来源的激活细胞”。它具有比LAK细胞更强的特异的杀瘤活性。例如，黑色素瘤患者的TIL只对自体瘤细胞产生杀伤活性，而对自体正常细胞及同种异体瘤细胞无杀伤活性或活性很低。Rosenberg等报道，TIL经IL-2培养扩增后，其抗瘤效力比LAK细胞强50～100倍，而且只需少量的IL-2就可发挥效应，TIL以T淋巴细胞为主，另外还含有少量其它细胞。
近几年来TIL的免疫生物学和功能研究有了较大的发展，由于其特异高效的杀瘤活性，在实验研究及临床应用中，已展现出用于临床治疗肿瘤的良好前景。
目前，已能够从多种人类实体瘤（原发性、转移性肿瘤）及恶性腹水中分离出TIL；在IL-2存在下，TIL能够有效增殖达 1000倍以上，其经冻存复苏后，仍然保持较好的增殖和杀瘤活性，这为临床长期应用TIL提供了可能性。但TIL的研究尚处于早期阶段，还有许多问题需要解决。
肿瘤组织里都有哪些细胞？
基质细胞 stromal cell
成纤维细胞 fibroblast，又叫成纤维细胞
内皮细胞 endothelial cell
免疫细胞 immunocyte
有哪些免疫细胞？
B cells
CD4+ T cells
CD8+ T cells
Neutrphils
Macrophages
Dendritic cells
Jurkat cell
IM-9
Raji cell
THP-1 cell
算法基本原理
****Deconvolution**反卷积**算法(不懂....)可以根据先验背景也就是已知每种细胞类型对应的表达特征，来解析整体表达的可能成分，这样我们就能从原来的水果拼盘里大致猜到有几种主要组成
免疫浸润评估常用的工具
目前关于免疫浸润的评估就有 TIMER, CIBERSORT, quanTIseq, xCell, MCP-counter等一些的算法
Tumor IMmune Estimation Resource (TIMER2)
TISIDB: an integrated repository portal for tumor-immune system interactions
