使用命令行+pymol将cif文件转换为pdb

2026.1.17更新：

可以直接使用命令行工具（推荐，高效）

需要安装 bcif 或 gemmi 工具。它们处理mmCIF文件非常专业。

1. 安装 gemmi (一个强大的晶体学工具)：

   • macOS (使用Homebrew)： brew install gemmi

   • Linux (Ubuntu/Debian)： sudo apt install gemmi

   • 也可以通过Python安装：pip install gemmi

   • 或从GitHub下载预编译版本。

2. 使用 gemmi 进行转换：
   打开终端，进入文件所在目录，运行以下命令：

   bash

   gemmi convert test.cif.gz test.pdb

   gemmi 会自动识别.gz压缩并解压，然后将.cif转换为.pdb。

 

##Pre

想要使用pymol将cif转换为pdb，又不想每次都打开pymol的图形界面，于是想通过命令行操作pymol来实现：

首先，执行命令行中的python，发现python的环境中没有pymol模块，因此需要将 PyMOL 的模块路径添加到 PYTHONPATH：

在环境变量中添加并source：

export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/username/software/pymol3.1.3/pymol/lib/python3.10/site-packages
#最好是在命令行中运行而不是一直放在环境变量中，不然可能造成系统中不同软件之间python环境不兼容

 

执行转换的python脚本：

# cif_to_pdb.py
# python cif_to_pdb.py input.cif output.pdb
import sys
import pymol

def cif_to_pdb(cif_file, pdb_file):
    pymol.finish_launching(['pymol', '-qc'])
    pymol.cmd.load(cif_file)
    pymol.cmd.save(pdb_file)
    pymol.cmd.quit()

if __name__ == "__main__":
    if len(sys.argv) != 3:
        print("Usage: python cif_to_pdb.py <input.cif> <output.pdb>")
        sys.exit(1)

    input_cif = sys.argv[1]
    output_pdb = sys.argv[2]

    cif_to_pdb(input_cif, output_pdb)
    print(f"Conversion complete: {output_pdb}")