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jcfaieng
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2024年10月15日
linux安装工具,需要Xmanager软件来处理X11转发请求,并询问是否要立即下载Xmanager试用版
摘要: 解决办法(关闭X11转发) 虽然找不到问题原因的本质,还是采用网友的临时解决办法吧: 找到我们的连接配置,然后点击右键,选择属性: 然后点击隧道,将“转发X11连接到(X)”取消勾选,然后点击确定 然后我们打开新的窗口 另外运行命令时可加XX -mode silent -agreeToLicense
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posted @ 2024-10-15 15:44 jcfaieng
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2024年7月22日
linux执行vcfmaf命令perl vcf2maf.pl xxx,如何将vcf2maf.pl添加到环境变量,使得脚本可以直接调用
摘要: 要将vcf2maf.pl(或任何其他Perl脚本)添加到环境变量中,以便能够直接在命令行中调用它,你实际上不需要将脚本本身添加到PATH环境变量。PATH环境变量用于查找可执行文件(通常是编译后的二进制文件),而不是脚本。但是,由于Perl脚本可以通过Perl解释器执行,你可以通过几种方式来实现类似
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posted @ 2024-07-22 19:37 jcfaieng
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2024年4月13日
conda install sometools报错:CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64/repodata.json> Elapsed:问题
摘要: 把该错误投入chatgpt中会反映网络问题,重试几次 但我重试了好几天也没安上,重新搜索该报错发现: That HTTP error happened when I updated the conda with conda update conda. I tried all options disc
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posted @ 2024-04-13 13:00 jcfaieng
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2024年4月4日
bcftools安装的坑
摘要: 001、使用conda安装bcftools, 调用报错如下: [root@PC1 ~]# conda install bcftools -c bioconda ## conda安装 [root@PC1 ~]# bcftools ## 调用测试 002、解决方法1 [root@PC1 ~]# cond
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posted @ 2024-04-04 16:28 jcfaieng
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参考基因组与VCF文件contigs不匹配
摘要: 常见报错:参考基因组与VCF存在不匹配的contigs 处理方法: ①按照已有参考基因组更新VCF java -jar picard.jar UpdateVcfSequenceDictionary R=reference.fasta I=input.vcf O=output.vcf ②如后续不需要c
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posted @ 2024-04-04 15:54 jcfaieng
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2024年3月29日
查看BAM文件头部信息
摘要: 注意:里面会有包括参考序列的信息、排序顺序等等内容!
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posted @ 2024-03-29 09:27 jcfaieng
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2024年3月26日
window格式改为unix格式
摘要: set ff vim 文件,执行set ff查看,设置为unix:set ff=unix
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posted @ 2024-03-26 10:44 jcfaieng
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2024年3月21日
linux工具配置环境变量
摘要: echo "export PATH=$PATH:/path/to/tools" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
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posted @ 2024-03-21 17:54 jcfaieng
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2023年6月21日
遗传相关估计方法
摘要: 遗传相关(Genetic Correlation)是遗传学核心概念,用于衡量表型之间由基因决定的相关性。 实现方法包括LDSC(连锁不平衡得分回归; https://github.com/bulik/ldsc)、HDL(高精度似然函数;https://github.com/bulik/ldsc)、G
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posted @ 2023-06-21 10:21 jcfaieng
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2022年5月3日
R内存溢出
摘要: 问题描述 当我使用R处理数据的时候,遇到大的数据就会容易内存溢出报错,报错信息如下: vector memory exhausted (limit reached?) 问题解决方案1 R语言作为把数据存在内存里面的软件,清除掉不用的对象是一个简单即时可用的办法: rm(large_df, large
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posted @ 2022-05-03 14:57 jcfaieng
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