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PyDESeq2 Python版的DESeq2已上线，以后就可以使用Python来做差异分析了。目前文章还在bioRxiv。我来简单尝尝鲜。 安装 使用mamba或者conda来新建一个虚拟环境，然后使用pip安装。 mamba create -n pydeseq2 python mamba act 阅读全文
posted @ 2022-12-23 20:24
何物昂
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xargs 可以将标准输入转换为给其他命令作为参数。 在命令不支持标准输入，或者我们不想写循环时，这会是一个很有用的命令。 echo "one two three" | xargs mkdir 比如，它会"one two three" 分成3部分，传个mkdir 当参数使用。 这个例子有点多余，毕竟 阅读全文
posted @ 2022-11-20 22:12
何物昂
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前言 最近有一个电视剧，讲程序员的故事，巴拉巴拉......，被我关注的一个up主，吐槽了。总之电视剧中有一个跳动的心，up主复现了， 那我也跟着学习了下，也弄了个动图~. 爱心 为画这样一个动图， 当然得先画一个心，在网上找一心形曲线公式~ 可以去wolframalpha 搜fifth heart 阅读全文
posted @ 2022-11-13 12:18
何物昂
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前言 基因组序列的提取，有不少强大的工具像samtools,bedtools，之前也提到 pybedtools 提取序列。 不过pybedtools是对bedtools提供一个Python接口，除了安装pybedtools外， 还需要bedtools。最近想要一款纯Python实现，不依赖于其他的软 阅读全文
posted @ 2022-11-09 22:54
何物昂
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前言 之前，习惯性用conda来管理环境，安装软件。大多时候都还不错，但是就是喜欢转圈圈，下载不动，最后给出些不清晰的信息~ 最近服务器出问题，重新配置了一遍工作环境，换用mamba试试~ mamba mamba 是使用C++ 对conda包管理器的重实现。 使用多线程来并行下载仓库数据和包文件 采 阅读全文
posted @ 2022-11-05 20:53
何物昂
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SpaceRanger 下载安装使用 下载安装 当前版本 Space Ranger - 2.0.0 (July 18, 2022), 运行在Linux 系统， 硬件需满足最小硬件要求： 8-core Intel or AMD processor (32 cores recommended) 64GB 阅读全文
posted @ 2022-10-29 20:25
何物昂
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版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数tl.score_genes_cell_cycle用给定S phase 和 G2M phase的两个基因集，计算打分，然后根据得分分配细胞phase， 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:18
何物昂
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版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.highly_variable_genes其源代码在scanpy/preprocessing 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:18
何物昂
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版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.calculate_qc_metrics其源代码在scanpy/preprocessing/ 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:17
何物昂
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版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 例子 函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell， 其源 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:16
何物昂
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