何物昂

摘要： 版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.filter_genes 其源代码在scanpy/preprocessing/_simple 阅读全文

摘要： 版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.filter_cells用于Filter cell outliers， 其源代码在scanp 阅读全文

摘要： 软件安装 # 安装bedtools $ conda install -c bioconda bedtools # 安装astk $ pip install git+https://github.com/huang-sh/astk.git@dev 剪切位点强度计算 支持 suppa2, rMATS输出 阅读全文

摘要： 问题 运行meme-suite软件里的命令后，没有正确运行生成结果，给出以下错误 Bad file name. Bad file name. Bad file name. Bad file name. Bad file name. Bad file name. Bad file name. Bad 阅读全文

摘要： 前面 命令行程序我们平常或多或少都用过一些，比如日常使用的一些linux命令，专业领域内的一些命令行程序等。大家大致都了解一些，但这里还是先说几个概念。 主要是为了解释下"argument", "option" 和"parameter"。不过这几个词在不同的应用场景下，可能意思并不相同，这里主要还是 阅读全文

摘要： FASTQ with Emoji = FASTQE 🤔 表情版的FASTQC，适用于Illumina 1.8+/Sanger format 使用 安装 使用conda 或者pip $ pip install fastqe $ conda install -c bioconda fastqe 测试数 阅读全文

摘要： SSH介绍 SSH（Secure Shell 的缩写）是一种网络协议，用于加密两台计算机之间的通信，并且支持各种身份验证机制。OpenSSH 工具是SSH 协议当前最流行的一种实现，Linux 的所有发行版几乎都自带 OpenSSH。 SSH 的软件架构是服务器-客户端模式（Server - Cli 阅读全文

摘要： Conda 简介 Conda 是一个开源的包管理系统和环境管理系统，可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行。 Conda 可快速安装、运行和更新包及其依赖项。 Conda 可以轻松地在计算机上创建、保存、加载和切换环境。 它是为 Python 程序而创造的，但它可以打包和分发任何语 阅读全文

摘要： 前言 pybedtools 是封装了BEDTools 所有可用的程序。下文学习下pybedtools 如何通过bed文件的坐标提取对应序列 正文 对pybedtools还不了解的参考下这篇文章 在Python中使用BEDTools。 提取序列的方法在BEDTools 中的命令是bedtools ge 阅读全文

摘要： I have a Python, I have a BEDTools. Ah,pybedtools! 前言 pybedtools 是采用 Python 对BEDTools 软件的封装和扩展。为啥要用pybedtools ，而不是直接使用BEDTools 呢？ 当然是我们想在Python 使用 BED 阅读全文