随笔分类 -  Bioinformatics tools

摘要：简要回忆下，第一次使用是在大四，傻傻的用，老师教了一个定制所显示的列，就觉得神奇的不得了。uniprot 提供了可供编程的api，这样大大简化了处理流程。http://www.uniprot.org/help/programmatic_access不过，在进行batch retrieve时，没有提供... 阅读全文

摘要：开始是打算用protein gi number，获得他们的go term。 本来想用uniprot来解决，不过想需要convert ID，这其中会导致有的ID对应不正常，一是缺失了；而是一对多，或者多对一。数据至少还要重新整理一次。后来想到了david，先手动提交数据，而且要是多个物种的，他还不让整... 阅读全文

摘要：KaKs_Calculatoradopts model selection and model averaging to calculate nonsynonymous (Ka) and synonymous (Ks) substitution rates, attempting to includ... 阅读全文

摘要：PAL2NAL is a program that converts a multiple sequence alignment of proteins and the corresponding DNA (or mRNA) sequences into a codon alignment.http... 阅读全文

摘要：Clustal, Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences.official website:http://www.clustal.org/使用biopython, 有相应的接口可以直接调用clustalw.from Bio.A... 阅读全文