ft-2024

摘要： 1.Seqkit提取 seqkit作为一个非常全能的软件，之前有多次利用到，本来早就该学习了，却一直拖欠了下来。这次要进行一个cds序列的提取，所以在此做一个记录。 目标：将含有多个转录本的Pep文件提取出只有t1序列。 提取现在文件的id序列表 seqkit seq pep.fa -n -i -o 阅读全文

摘要： 转录本：由一条基因通过转录，由于可变剪切形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟mRNA。另外非编码RNA也可能有转录本的说法。 最长转录本：可变剪切一个基因得到多个序列长度不同的转录本，应选序列最长的进行数据分析。 CDS：蛋白质编码区，是与蛋白序列一一对应的DNA序列，不存在内含子。 提取物种所有的 阅读全文

摘要： 将测序后的reads与组装好的基因组做alignment（校准），这个过程就被叫做mapping。Mapping之后生成的SAM/BAM文件，可以获取reads mapping回参考基因组的信息（比如mapping rate，coverage，depth），从而评估基因组组装的质量。 1.Mappi 阅读全文

摘要： SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBl (National Center for Biotechnology Information)它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata)的数据库，所有已发表的了献中高通量测序数据基本都上传至此， 阅读全文

摘要： Tmux是会话（session）与终端窗口（terminal window）的解绑工具，可以同时运行多个命令，可以让新窗口"接入"已经存在的会话允许每个会话有多个连接窗口，因此可以多人实时共享会话，支持窗口任意的垂直和水平拆分。 创建一个名字为ft的新窗口 tmux new -s ft 重新进入名字 阅读全文