2016年5月12日

MySQL mac 安装
摘要： MySQL mac的安装着实费了些功夫。最开始想省事用brew 安装，结果总是有问题，原来brew安装MySQL并没那么简单，还要进行一些配置。索性直接到网站下载： http://www.mysql.com/downloads/ 选择 选择community server, 然后下载了dmg文件 其 阅读全文
posted @ 2016-05-12 08:00 Forever_YCC 阅读(281) 评论(0) 推荐(0)

2016年4月21日

lsof 解决无法删除文件夹问题
摘要： 今天在HPCC上面想要删除一个文件夹，结果说“Device or resource busy". 于是google一下，发现这个是因为有程序正在运行，所以无法删除。 那么怎样解决？ lsof 命令可以找到你的正在运行的程序以及运行的地点，此外 lsof 还提供该程序的 pid。 因此只要 kill 阅读全文
posted @ 2016-04-21 05:09 Forever_YCC 阅读(418) 评论(0) 推荐(0)

2015年8月15日

解决R速度太慢问题
摘要： R的速度慢一直被人诟病，最近做一个比较大的dataset的分析，跑得实在太慢，发现症结是R的data frame的index太慢：以下为测试：gene_list = 1:100000eQTL_mat = matrix(nrow = length(gene_list), ncol = 7) # 创建一... 阅读全文
posted @ 2015-08-15 02:23 Forever_YCC 阅读(1753) 评论(0) 推荐(0)

2015年7月24日

R读取数据的错误
摘要： 使用R读取数据的时候遇到这种错误：invalid multibyte string at ''解决方法就是：tbl <- read.delim("dir/file.txt", fileEncoding="UCS-2LE")Refhttp://stackoverflow.com/questions/4... 阅读全文
posted @ 2015-07-24 04:04 Forever_YCC 阅读(1086) 评论(0) 推荐(0)

2015年6月5日

read.csv 把 "T" 读成 "TRUE" 的问题
摘要： read.csv(text="A,B,T,T", header=FALSE)## V1 V2 V3 V4## 1 A B TRUE TRUERT, 有的时候R读取数据的时候容易遇到这种问题。怎样解决呢？调整几个参数即可：read.csv(text="A,B,T,T", header... 阅读全文
posted @ 2015-06-05 13:12 Forever_YCC 阅读(423) 评论(0) 推荐(0)

2015年5月5日

What does "Rxlch" mean in ENCODE?
摘要： In ENCODE project, we could see some files are called "...rxlch...", which means "reverse crosslinked Chromatin".What does this mean?According to the ... 阅读全文
posted @ 2015-05-05 07:01 Forever_YCC 阅读(270) 评论(0) 推荐(0)

2015年4月20日

C&C++ recap
摘要： 大一时候学过C++，可惜忘得差不多了，之后也很少用过。当时使用的是windows系统，使用的还是visual C++。当时对计算机并不感冒，也没好好学。最近在R的学习中遇到瓶颈，觉得要捡起曾经的C/C++。现在早已时过境迁，系统换成mac，以前的知识也早已忘得一干二净，只能重头再来。1. IDE选择... 阅读全文
posted @ 2015-04-20 05:52 Forever_YCC 阅读(343) 评论(0) 推荐(0)

2015年4月18日

将Rmarkdown文件转为pdf文件
摘要： knitr包只能够将R markdown文件转为html格式，若想要将其转化为pdf格式，还要安装另一个包# Install and load packageinstall.packages("rmarkdown")library("rmarkdown")# Convertrender("../Yo... 阅读全文
posted @ 2015-04-18 08:46 Forever_YCC 阅读(3295) 评论(0) 推荐(0)

2015年3月12日

ChIP-seq Peak caller MACS index out of range问题解决
摘要： 使用MACS1.4 进行peak calling的时候发现一个比较奇怪的问题：我的某些文件无法被MACS1.4 进行peak calling，出现如下的信息：Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/macs14", line ... 阅读全文
posted @ 2015-03-12 09:16 Forever_YCC 阅读(1027) 评论(0) 推荐(0)

2015年2月26日

R正则表达式的问题
摘要： 今天在处理R的正则表达式的时候发现，R的正则式中的转义字符和linux、python等的还不一样。Linux是使用"\"，而R中则使用"[]"!# 我想要将“A427 PolII [ChIPseq]”中的“[ChIPseq]” 去掉string = "A427 PolII [ChIPseq]"#... 阅读全文
posted @ 2015-02-26 03:42 Forever_YCC 阅读(315) 评论(0) 推荐(0)

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